Les inhibiteurs chimiques de PTGES3L-AARSD1 peuvent perturber sa fonction par divers mécanismes, principalement en interférant avec les voies de repliement et de dégradation des protéines au sein de la cellule. La trichostatine A, en tant qu'inhibiteur de l'histone désacétylase, peut affecter l'état d'acétylation des histones, ce qui a un impact sur l'activité chaperonne de PTGES3L-AARSD1. En effet, la modification des histones peut influencer l'environnement de repliement des protéines, ce qui peut entraîner une inhibition des fonctions chaperonnes de PTGES3L-AARSD1. De même, la geldanamycine et son analogue 17-AAG ciblent la protéine chaperonne Hsp90, compromettant ainsi sa fonction. Comme il est suggéré que PTGES3L-AARSD1 possède un domaine de type chaperon, l'inhibition de Hsp90 peut déstabiliser les protéines clientes et perturber le processus de repliement des protéines dans lequel PTGES3L-AARSD1 peut être impliqué. La withaferine A et le célastrol inhibent tous deux le protéasome, ce qui peut conduire à l'accumulation de protéines mal repliées, surchargeant ainsi la machinerie cellulaire de repliement des protéines et inhibant indirectement la fonction de PTGES3L-AARSD1.
Le MG-132 et l'époxomicine, deux inhibiteurs du protéasome, aggravent encore le stress exercé sur l'activité chaperonne de PTGES3L-AARSD1 en provoquant une accumulation de protéines ubiquitinées, ce qui peut perturber la protéostase cellulaire. Cela peut surcharger la capacité de PTGES3L-AARSD1 à traiter les protéines mal repliées. Le bortézomib, un autre inhibiteur du protéasome, entrave la voie de dégradation des protéines mal repliées, ce qui peut entraîner une charge accrue pour PTGES3L-AARSD1. La concanamycine A perturbe le trafic des protéines en inhibant la V-ATPase, ce qui entraîne une augmentation des protéines mal repliées susceptibles d'inhiber indirectement PTGES3L-AARSD1. La lactacystine, comme d'autres inhibiteurs du protéasome, contribue également à l'inhibition fonctionnelle de PTGES3L-AARSD1 en empêchant la dégradation des protéines mal repliées. Enfin, la puromycine perturbe la synthèse des protéines, ce qui peut entraîner une charge accrue pour la machinerie de repliement des protéines de la cellule, y compris PTGES3L-AARSD1, en provoquant une accumulation de protéines qui n'ont pas été correctement synthétisées et repliées.
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