Les activateurs PP6R3 sont une collection variée de composés chimiques qui renforcent indirectement l'activité fonctionnelle de la protéine phosphatase PP6R3. L'acide okadaïque, la caliculine A, la fostriécine, la cantharidine, la microcystine-LR, l'endothall et la tautomycine sont tous des inhibiteurs de protéines phosphatases telles que PP1 et PP2A; leur action peut entraîner une augmentation compensatoire de l'activité de PP6R3 lorsque la cellule tente de maintenir un équilibre entre les activités des phosphatases. Ce mode d'activation indirect place PP6R3 dans une position de plus grande influence relative sur les processus de déphosphorylation au sein de la cellule. De même, l'ionomycine, en augmentant les niveaux de calcium intracellulaire, pourrait soutenir l'activité de PP6R3 indirectement par l'activation de protéines phosphatases dépendantes du calcium qui travaillent de concert avec PP6R3 pour réguler les réseaux de déphosphorylation cellulaires.
L'activité de PP6R3 est également influencée par la forskoline qui, en augmentant les niveaux d'AMPc, favorise indirectement le rôle de PP6R3 dans la lutte contre la phosphorylation par le biais de la signalisation PKA dépendante de l'AMPc. L'acide zolédronique, par son interférence avec les enzymes à base de phosphate.
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