La forskoline et l'IBMX augmentent l'AMPc intracellulaire, ce qui entraîne l'activation de la protéine kinase A (PKA). La PKA peut phosphoryler un large éventail de protéines, dont certaines peuvent interagir avec PDZD9 ou le réguler. La phosphorylation induit souvent des changements de conformation ou modifie les interactions entre les protéines, ce qui peut avoir des effets en aval sur la fonction des protéines. D'autres substances chimiques de ce groupe, telles que la PMA, activent directement la protéine kinase C (PKC), une autre kinase qui phosphoryle un large éventail de substrats cellulaires, y compris potentiellement des protéines contenant un domaine PDZ comme le PDZD9.
Des composés comme le LY294002 et la Wortmannine ciblent la voie PI3K/AKT, une voie de transduction du signal clé qui régule la croissance, le métabolisme et la survie des cellules. La modulation de cette voie par ces inhibiteurs peut avoir des effets étendus sur la fonction cellulaire, affectant éventuellement PDZD9. Les inhibiteurs de la voie MAPK tels que PD98059 et U0126 offrent une autre voie d'activation indirecte en modulant la cascade de signalisation qui pourrait s'entrecroiser avec la régulation du PDZD9. L'inhibition de JNK et p38 MAPK par SP600125 et SB203580, respectivement, représente un autre mécanisme par lequel ces produits chimiques peuvent influencer l'activité de PDZD9. Le rôle de la rapamycine en tant qu'inhibiteur de mTOR la positionne comme un régulateur de la croissance cellulaire et de la synthèse des protéines, processus qui peuvent être critiques pour la fonction des protéines contenant un domaine PDZ. L'inhibition de CaMKII par KN-93 perturbe la signalisation calcique, un processus cellulaire omniprésent, ce qui pourrait affecter la fonction de protéines telles que PDZD9.
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