La forskoline, un diterpène, se lie à l'enzyme adénylyl cyclase, provoquant une augmentation de l'AMPc, un messager essentiel qui annonce l'activation des protéines. De même, l'isoprotérénol, une catécholamine synthétique, se lie aux récepteurs bêta-adrénergiques, déclenchant une cascade qui augmente également les niveaux d'AMPc, signalant l'activation des protéines. La dynamique du calcium dans la cellule est un déterminant crucial de l'activité des protéines, un processus que l'Ionomycine influence directement en transportant les ions calcium à travers les membranes, augmentant ainsi les niveaux de calcium intracellulaire. De même, la thapsigargin perturbe le stockage du calcium en entravant la pompe SERCA, ce qui entraîne une augmentation de la concentration de calcium intracellulaire susceptible de modifier l'activité des protéines. Le PMA adopte une approche directe en imitant le diacylglycérol (DAG), un activateur de la protéine kinase C (PKC). Lors de l'activation, la PKC phosphoryle les protéines cibles, modulant ainsi leur activité. Cette phosphorylation est une modification essentielle qui peut changer la fonction, la localisation ou l'interaction d'une protéine avec d'autres molécules. Le K252a, bien qu'il soit généralement considéré comme un inhibiteur, en modifiant l'équilibre de l'activité des kinases, influence aussi indirectement l'état de phosphorylation et donc l'activité des protéines.
La caféine et l'IBMX présentent une stratégie visant à maintenir des niveaux élevés d'AMPc en empêchant sa dégradation par l'inhibition de la phosphodiestérase. Cela garantit un signal d'activation durable dans la cellule. La génistéine utilise une tactique différente en inhibant les tyrosines kinases, ce qui peut entraîner une diminution de la phosphorylation de certaines protéines, affectant indirectement les états d'activation d'autres protéines au sein du réseau de signalisation. L'U73122 perturbe la voie de la phospholipase C, affectant la production d'inositol trisphosphate (IP3) et de diacylglycérol (DAG), des messagers secondaires qui font partie intégrante des processus de signalisation cellulaire. La modulation de ces voies peut affecter l'activité des protéines. Le zaprinast et le LY294002, en ciblant respectivement des phosphodiestérases spécifiques et la PI3K, modifient les niveaux de GMPc et l'activité de la voie Akt, qui sont tous deux essentiels à la régulation de l'activation des protéines.
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