La forskoline, un diterpène, exerce ses effets en stimulant directement l'adénylyl cyclase, qui catalyse la conversion de l'ATP en AMPc, un messager secondaire qui active la protéine kinase A (PKA). L'augmentation de l'activité de la PKA entraîne une phosphorylation accrue des protéines cibles, ce qui modifie effectivement leur fonction. De même, l'IBMX, un dérivé de la méthylxanthine, empêche la dégradation de l'AMPc en inhibant les phosphodiestérases, ce qui maintient un environnement propice à la phosphorylation médiée par la PKA. Le composé polyphénolique gallate d'épigallocatéchine et le stilbénoïde resvératrol sont capables de moduler de nombreuses voies de signalisation et d'affecter l'activité et l'état d'activation de diverses protéines.
L'Ionomycine, un ionophore calcique, et l'A23187, un acide carboxylique, servent tous deux à augmenter les niveaux intracellulaires de calcium, un second messager essentiel qui active une série de kinases dépendantes du calcium, qui peuvent ensuite phosphoryler des protéines. Le phorbol 12-myristate 13-acétate, un puissant activateur de la protéine kinase C (PKC), stimule directement la PKC qui est impliquée dans un large éventail de fonctions cellulaires, y compris la régulation de l'activité des protéines par la phosphorylation. Les inhibiteurs de la phosphodiestérase comme le sildénafil maintiennent des niveaux élevés d'AMPc et de GMPc, facilitant ainsi l'activation de la PKA ou de la PKG, des kinases qui catalysent le transfert des groupes phosphates aux protéines. Le LY294002, un dérivé flavonoïde, agit en inhibant les phosphoinositides 3-kinases (PI3K), affectant ainsi les cascades de signalisation en aval, ce qui peut entraîner des modifications de l'activité des protéines. La petite molécule U0126, connue pour son effet inhibiteur sur la protéine kinase activée par les mitogènes (MEK), a la capacité de modifier les schémas de phosphorylation dans les cellules, ce qui a un impact sur la fonction des protéines. Le dibutyryl AMPc, un analogue synthétique de l'AMPc, et la staurosporine, un alcaloïde qui inhibe un large spectre de kinases, entraînent tous deux des modifications de la phosphorylation qui peuvent activer les protéines.
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