Les inhibiteurs chimiques de la NDST4 agissent par divers mécanismes pour entraver son activité de sulfotransférase. La suramine agit en bloquant les récepteurs du facteur de croissance et les activités enzymatiques qui sont cruciales pour les processus de sulfatation catalysés par la NDST4. Lorsque les récepteurs du facteur de croissance sont inhibés, l'activité sulfotransférase de la NDST4 est compromise, ce qui entraîne une diminution de son rendement fonctionnel. Le chlorate agit comme un concurrent de l'absorption du sulfate, limitant ainsi la disponibilité du donneur de sulfate PAPS essentiel à l'activité de la NDST4; cette inhibition compétitive conduit à une réduction de la capacité de sulfatation de l'enzyme. Le méthylthiouracile, par son action sur la synthèse des hormones thyroïdiennes, peut entraîner une diminution de la capacité de sulfatation systémique, ce qui peut à son tour limiter la disponibilité des pools de sulfates pour l'activité de la NDST4. Le bisphénol A peut perturber l'activité de la sulfotransférase en se liant directement au site actif des enzymes sulfotransférases, ce qui peut entraîner une interférence directe avec le processus catalytique de la NDST4.
Outre ces inhibiteurs, des composés comme la quercétine et le triclosan exercent leurs effets inhibiteurs en entrant en compétition avec le PAPS ou en modifiant la structure de l'enzyme, respectivement, entravant ainsi la fonction enzymatique de la NDST4. L'acide ellagique et le pentachlorophénol sont également connus pour se lier au site actif ou à des régions critiques de l'enzyme, entraînant une diminution de l'activité sulfotransférase de la NDST4. De même, la chlorpromazine et la désipramine peuvent inhiber la NDST4 en modifiant la conformation de l'enzyme ou en interagissant avec son site actif. Le miconazole, bien que principalement connu comme inhibiteur des enzymes du cytochrome P450, s'est révélé capable d'inhiber les enzymes sulfotransférases, y compris la NDST4, en interagissant avec le site actif de l'enzyme. Enfin, le kétoconazole, par son inhibition des enzymes du cytochrome P450, peut indirectement influencer les processus de sulfatation, affectant ainsi l'activité de la NDST4. L'action collective de ces inhibiteurs entraîne une réduction substantielle de la capacité de la NDST4 à transférer des groupes sulfates sur ses substrats.