Les inhibiteurs chimiques de la N-désacétylase/N-sulfotransférase (NDST3) perturbent le rôle de la protéine dans la modulation des chaînes d'héparane sulfate par divers mécanismes biochimiques. La suramine, par exemple, bloque l'action de l'héparanase, qui clive normalement l'héparane sulfate. L'inhibition de l'héparanase peut conduire à une accumulation de chaînes d'héparane sulfate, entravant ainsi la capacité de la NDST3 à poursuivre la transformation de ces molécules. Le méthylthiouracile interfère avec la synthèse des hormones thyroïdiennes, ce qui peut indirectement influencer les activités des sulfotransférases, y compris celles de la NDST3. Dans le même ordre d'idées, le chlorate de sodium agit comme un inhibiteur de l'ATP sulfurylase, réduisant ainsi la disponibilité du donneur de sulfate essentiel PAPS, qui est crucial pour l'activité de sulfatation de la NDST3.
La Brefeldine A et la Tunicamycine perturbent la NDST3 par des mécanismes affectant sa localisation et ses modifications post-traductionnelles. La Brefeldine A perturbe l'appareil de Golgi, où la NDST3 est localisée et fonctionne, empêchant la sulfatation de l'héparane sulfate. La tunicamycine entrave la glycosylation liée à l'azote, un processus nécessaire au bon fonctionnement de la NDST3. La quercétine inhibe directement la fonction sulfotransférase de la NDST3, réduisant ainsi la sulfatation de l'héparane sulfate. L'arséniate de sodium compromet le métabolisme énergétique, qui est essentiel pour les réactions de sulfatation dépendantes de l'énergie que catalyse la NDST3. Le chlorure de lithium cible la glycogène synthase kinase 3 (GSK3), une kinase qui peut affecter la fonction de la NDST3. Les inhibiteurs Fumonisine B1 et Clioquinol affectent la NDST3 en perturbant l'intégrité de la membrane cellulaire et en chélatant les ions métalliques, respectivement. La fumonisine B1 entrave la synthèse des sphingolipides, des composants de la membrane cellulaire qui sont cruciaux pour la signalisation cellulaire et les fonctions associées à la membrane de protéines comme la NDST3. Le clioquinol chélate le zinc, un cofacteur qui maintient l'intégrité structurelle de nombreuses enzymes, dont la NDST3. Enfin, la trientine séquestre le cuivre, qui est vital pour diverses enzymes, et son action chélatrice peut altérer l'efficacité de la NDST3 à modifier l'héparane sulfate.