Les activateurs chimiques de MTRF1L peuvent déclencher leurs effets modulateurs par le biais de diverses voies de signalisation intracellulaires. La forskoline, un diterpène, cible directement l'adénylate cyclase, ce qui entraîne une augmentation de la concentration intracellulaire d'AMPc. Cette augmentation de l'AMPc peut déclencher l'activation de la protéine kinase A (PKA), une kinase connue pour phosphoryler des substrats spécifiques, dont le MTRF1L, et donc l'activer. De même, l'analogue de l'AMPc, le 8-Bromo-cAMP, contourne les récepteurs en amont et les adénylyl cyclases pour fournir une augmentation directe des niveaux d'AMPc, qui peut également activer la PKA pour phosphoryler et, par conséquent, activer le MTRF1L. Une autre voie implique la modulation des niveaux de calcium intracellulaire; l'ionomycine, un ionophore calcique, augmente la concentration de calcium cytosolique, ce qui peut activer les kinases dépendantes du calcium qui phosphorylent le MTRF1L. La thapsigargin agit de manière similaire en inhibant l'ATPase Ca2+ du réticulum sarcoplasmique/endoplasmique (SERCA), ce qui entraîne une augmentation des niveaux de calcium cytosolique qui peut activer des kinases capables de phosphoryler le MTRF1L.
L'activation de MTRF1L peut également être soutenue par l'inhibition de la déphosphorylation de la protéine. La caliculine A et l'acide okadaïque sont des toxines qui inhibent les protéines phosphatases, en particulier les phosphatases 1 et 2A, qui peuvent maintenir le MTRF1L dans un état phosphorylé. L'isoprotérénol, un agoniste bêta-adrénergique, augmente l'AMPc et active ensuite la PKA, qui peut alors activer le MTRF1L par phosphorylation. L'anisomycine active les protéines kinases activées par le stress, qui peuvent directement phosphoryler MTRF1L. La chélérythrine, bien qu'elle soit connue comme un inhibiteur de la PKC, peut entraîner l'activation compensatoire d'autres kinases qui phosphorylent et activent le MTRF1L. Les esters de phorbol tels que le TPA et le PMA sont de puissants activateurs de la protéine kinase C (PKC), qui peut phosphoryler et activer le MTRF1L. Enfin, l'A23187 fonctionne comme un autre ionophore calcique, augmentant les niveaux de calcium intracellulaire qui peuvent activer les kinases qui phosphorylent et activent le MTRF1L, mettant en évidence la diversité des activateurs chimiques qui peuvent réguler cette protéine par différentes voies biochimiques.
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