Les inhibiteurs chimiques de MSL3L2 offrent une gamme de mécanismes par lesquels l'activité de cette protéine est entravée, principalement par l'altération des modifications des histones avec lesquelles MSL3L2 interagit ou qu'elle modifie. La trichostatine A et le M344 sont des inhibiteurs d'histone désacétylase (HDAC) qui augmentent les niveaux d'acétylation des histones. Une acétylation élevée peut empêcher MSL3L2 d'interagir efficacement avec la chromatine, car MSL3L2 peut dépendre d'un certain schéma d'acétylation pour se lier aux histones ou les modifier. La sinéfungine cible les méthyltransférases dépendantes de la S-adénosylméthionine, qui sont importantes pour la méthylation des histones, un processus dans lequel MSL3L2 est probablement impliqué. En inhibant la méthylation, la sinéfungine interrompt les fonctions de MSL3L2 dépendantes de la méthylation. La chaétocine inhibe spécifiquement SUV39H1, une histone méthyltransférase, modifiant ainsi potentiellement le paysage de méthylation essentiel à l'interaction de MSL3L2 avec la chromatine.
D'autres inhibiteurs, tels que BIX-01294 et A-366, ciblent sélectivement l'histone méthyltransférase G9a, ce qui suggère que la prévention de la méthylation sur des sites histoniques spécifiques pourrait entraver les activités de remodelage de la chromatine de MSL3L2. De même, UNC1999, GSK343 et EPZ-6438 inhibent EZH2, UNC1999 ciblant également EZH1, qui sont des enzymes responsables de la méthylation des sites d'histone avec lesquels MSL3L2 interagit probablement. L'inhibition de ces enzymes peut modifier l'état de la chromatine et donc la capacité fonctionnelle de MSL3L2. I-CBP112 et JQ1 perturbent la reconnaissance des résidus lysine acétylés en inhibant les bromodomaines CREBBP/EP300 et les bromodomaines BET, respectivement. Cette inhibition peut entraver la capacité de MSL3L2 à lire les marques d'acétylation sur les histones, ce qui est crucial pour son rôle dans le remodelage de la chromatine. Enfin, CPI-455, en tant qu'inhibiteur des déméthylases KDM5, maintient un état hyperméthylé sur les histones, ce qui peut interférer avec les activités de déméthylation que MSL3L2 pourrait faciliter, entravant ainsi sa fonction normale.
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