La tétracycline et son dérivé, la doxycycline, sont connus pour se lier aux sous-unités ribosomiques, empêchant la fixation de l'aminoacyl-ARNt au complexe ARNm-ribosome, ce qui, à son tour, entraverait la fonction de MRP-L35 en tant que partie de ce complexe. Le chloramphénicol exerce ses effets en se liant au centre de la peptidyl-transférase du ribosome mitochondrial, inhibant l'activité enzymatique essentielle à l'élongation de la chaîne protéique, ce qui affecte le rôle de MRP-L35 dans la synthèse des peptides. De même, le linézolide se lie à l'ARN ribosomal du ribosome bactérien, qui est proche du ribosome mitochondrial en raison d'origines évolutives communes, inhibant ainsi l'initiation de la traduction. Cette liaison peut entraver le bon fonctionnement de MRP-L35 en perturbant la formation du complexe d'initiation. Les antibiotiques macrolides, tels que l'érythromycine et la roxithromycine, se lient au tunnel de sortie des ribosomes, ce qui peut provoquer un blocage empêchant l'allongement de la chaîne protéique naissante, impliquant un rôle pour l'inhibition de MRP-L35 en raison de sa proximité avec le tunnel.
Les antibiotiques de la famille des lincosamides, comme la clindamycine, se fixent sur la sous-unité 50S du ribosome, interférant avec la réaction de transpeptidation, une étape nécessaire de l'élongation de la protéine à laquelle MRP-L35 est probablement associée. La rifampicine, bien que ciblant traditionnellement l'ARN polymérase bactérienne, peut influencer la synthèse de l'ARN mitochondrial en raison de similitudes structurelles, affectant ainsi l'implication de MRP-L35 dans la synthèse des protéines. L'actinonine, un antibiotique peptidique, entrave la peptidyl déformylase, une enzyme impliquée dans la préparation des peptides nouvellement synthétisés pour les étapes de traduction ultérieures, ce qui serait critique pour la participation fonctionnelle de MRP-L35 à ces processus. La puromycine provoque une terminaison prématurée de la chaîne en imitant l'aminoacyl-ARNt, ce qui conduirait à des protéines incomplètes et interromprait le rôle normal de MRP-L35 dans la synthèse des protéines. Enfin, la zidovudine, un analogue nucléosidique, est incorporée dans l'ADN mitochondrial, provoquant potentiellement une toxicité et un dysfonctionnement mitochondrial, ce qui peut avoir des effets en aval sur la synthèse protéique mitochondriale et donc sur la fonction de MRP-L35.
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