Les inhibiteurs de Mot1 sont des produits chimiques qui affectent directement l'activité fonctionnelle de Mot1 ou qui influencent les événements de signalisation conduisant à son inhibition. La wortmannine et le LY294002 sont des inhibiteurs de PI3K qui peuvent indirectement affecter l'activité ATPase de Mot1 en diminuant la production d'ATP dans la cellule. Ceci est dû au rôle de PI3K dans la voie de signalisation qui favorise la production d'ATP cellulaire. La trifluopérazine et le vérapamil, quant à eux, affectent la signalisation calcique dans la cellule. La trifluopérazine le fait en inhibant la calmoduline, tandis que le vérapamil le fait en bloquant les canaux calciques. Ces changements dans la signalisation calcique peuvent indirectement affecter l'activité ATPase de Mot1, puisque les ions calcium sont connus pour influencer cette activité.
Le 2-désoxy-D-glucose, la thapsigargin, la nigéricine, l'oligomycine A, la monensine, la valinomycine, l'azide et le FCCP sont d'autres inhibiteurs qui peuvent affecter l'activité ATPase de Mot1 en influençant la production d'ATP dans la cellule. Le 2-désoxy-D-glucose inhibe la glycolyse, la thapsigargin inhibe la pompe SERCA, la nigéricine et la valinomycine sont des ionophores qui perturbent les gradients ioniques à travers la membrane mitochondriale, l'oligomycine A inhibe l'ATP synthase, l'azide inhibe la cytochrome C oxydase et le FCCP découple la phosphorylation oxydative.
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