Les inhibiteurs chimiques de JAGN1 peuvent entraver sa fonction par diverses voies cellulaires et biochimiques. La cyclopamine, un inhibiteur connu de la voie de signalisation Hedgehog, peut indirectement inhiber JAGN1 en limitant la glycosylation et le trafic des composants Hedgehog, processus dans lesquels JAGN1 peut être impliqué. De même, LY294002 et Wortmannin, deux inhibiteurs de la phosphoinositide 3-kinase (PI3K), peuvent entraver les voies PI3K-dépendantes cruciales pour le trafic membranaire, un processus cellulaire dans lequel JAGN1 joue un rôle. En entravant la PI3K, ces inhibiteurs peuvent perturber le bon fonctionnement de JAGN1. En outre, U0126 et PD98059, en tant qu'inhibiteurs de la MEK, peuvent supprimer la voie de signalisation ERK1/2. Puisque JAGN1 est impliqué dans le trafic des protéines, l'inhibition de la signalisation ERK1/2 peut perturber les processus régulés par JAGN1, conduisant à son inhibition fonctionnelle.
Brefeldin A, un inhibiteur qui perturbe la fonction de Golgi en ciblant les facteurs d'ADP-ribosylation, peut également conduire indirectement à l'inhibition fonctionnelle de JAGN1 en affectant le trafic des protéines, un processus avec lequel JAGN1 est associé. Go6976, un inhibiteur de la protéine kinase C, et Sp600125, un inhibiteur de JNK, peuvent perturber diverses voies de signalisation qui influencent le trafic membranaire et la réponse au stress, voies dans lesquelles JAGN1 est potentiellement actif. Par l'inhibition de ces kinases, les produits chimiques peuvent indirectement inhiber la fonction de JAGN1. Y-27632, un inhibiteur de ROCK, peut modifier la dynamique du cytosquelette et le trafic membranaire, interférant ainsi avec la fonction de JAGN1. Le SB203580, en inhibant la MAP kinase p38, peut affecter les processus cellulaires qui impliquent JAGN1, conduisant à son inhibition. PP2, un inhibiteur des kinases de la famille Src, peut inhiber les voies de signalisation qui contrôlent le trafic des protéines, ce qui conduit également à l'inhibition fonctionnelle de JAGN1. Enfin, la dorsomorphine, un inhibiteur de l'AMPK, peut influencer l'équilibre énergétique cellulaire et le trafic des protéines, des processus dans lesquels JAGN1 est impliqué, ce qui peut donc conduire à son inhibition fonctionnelle.
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