Le chlorure de lithium, en inhibant la GSK-3 bêta, entraîne l'accumulation de bêta-caténine, une molécule qui s'associe à la TCF/LEF pour diriger les modèles d'expression génétique affectant FOXD4. La forskoline, par l'élévation des niveaux d'AMPc, active la PKA qui, à son tour, peut modifier l'activité transcriptionnelle et potentiellement réguler FOXD4 à la hausse. La KAAD-cyclopamine influence une voie similaire, bien qu'elle emprunte une autre voie en freinant la voie Hedgehog, ce qui a des implications pour la modulation transcriptionnelle de FOXD4. L'inhibiteur IX de la GSK-3, proche du chlorure de lithium, inhibe la GSK-3 bêta, stabilise la bêta-caténine et favorise les événements transcriptionnels susceptibles d'accroître l'expression de FOXD4.
La voie MAPK/ERK, un conduit pour de nombreuses cascades de signalisation, est tempérée par le PD98059 qui, en inhibant MEK, pourrait influencer les facteurs de transcription régulant FOXD4. Le SB431542 apporte une autre couche de complexité en ciblant la signalisation du TGF-β, ce qui entraîne des modifications transcriptionnelles susceptibles d'élever les niveaux de FOXD4. L'IWR-1 et le DAPT, par leur inhibition respective des voies de signalisation Wnt/β-caténine et Notch, contribuent également au réseau de régulation qui peut affecter l'expression de FOXD4. En outre, l'inhibiteur XVI de GSK-3, en inhibant GSK-3 bêta, peut amplifier la transcription médiée par la β-caténine/TCF, ce qui constitue une autre voie potentielle d'activation de FOXD4. La rapamycine, un inhibiteur de mTOR, affecte les protéines clés en aval S6K et 4E-BP, impliquées dans le contrôle de la traduction de nombreuses protéines, y compris peut-être FOXD4. L'inhibition de ROCK par Y-27632 influence la dynamique du cytosquelette, qui est étroitement liée à la régulation de l'expression génétique.
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