Les inhibiteurs de FLJ37644, par exemple, la staurosporine et d'autres inhibiteurs de kinases affectent la phosphorylation des protéines, qui est une modification post-traductionnelle courante pouvant réguler l'activité, la localisation et l'interaction des protéines avec d'autres molécules. Le LY294002, en inhibant la PI3K, peut modifier de nombreuses cascades de signalisation, affectant potentiellement les protéines qui sont directement ou indirectement régulées par l'activité de la PI3K. La rapamycine, en inhibant la mTOR, peut avoir un large impact sur la croissance et le métabolisme cellulaires, affectant ainsi les protéines sous le contrôle de la signalisation mTOR. La cyclopamine et le SB431542 modulent les voies de signalisation qui sont cruciales pour la communication cellulaire et peuvent donc influencer un large éventail de protéines régulées par ces voies.
Les inhibiteurs ciblant la voie MAPK/ERK, tels que PD98059 et U0126, affectent l'activité des protéines au sein de cette voie, qui est essentielle pour la prolifération cellulaire, la différenciation et la réponse aux stimuli externes. Les inhibiteurs du protéasome, comme le bortézomib et le MG132, peuvent empêcher la dégradation des protéines, ce qui entraîne l'accumulation et la dysrégulation potentielle des protéines dans la cellule. Z-VAD-FMK, en tant qu'inhibiteur de la pan-caspase, peut empêcher la mort cellulaire programmée, affectant ainsi les protéines qui induisent ou sont impliquées dans l'apoptose. SP600125, en inhibant JNK, peut modifier la signalisation de la réponse au stress et les réponses inflammatoires dans les cellules. La thapsigargin perturbe l'homéostasie calcique, ce qui est important pour les protéines qui dépendent du calcium ou qui sont régulées par la signalisation calcique.
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