Les inhibiteurs chimiques du FAM69C utilisent divers mécanismes pour entraver la fonction de la protéine en ciblant des voies et des enzymes spécifiques qui sont cruciales pour son activité. La staurosporine, par exemple, peut inhiber l'activité kinase de la FAM69C grâce à son large spectre d'inhibition des protéines kinases. Le H-89 et le Bisindolylmaleimide I agissent en inhibant respectivement la protéine kinase A (PKA) et la protéine kinase C (PKC), ce qui pourrait diminuer la phosphorylation dans les cascades de signalisation dont fait partie le FAM69C, entraînant une réduction de son activité. Le LY294002 et la Wortmannine, tous deux inhibiteurs de PI3K, peuvent interférer avec la voie PI3K-Akt-mTOR, une voie que FAM69C peut utiliser. L'inhibition de cette voie peut entraîner une réduction de la fonction de la FAM69C. De même, U0126 et PD98059, qui inhibent la MEK, ainsi que SB203580, un inhibiteur de la MAP kinase p38, et SP600125, un inhibiteur de la JNK, peuvent perturber les voies de signalisation MAPK, diminuant potentiellement l'activité du FAM69C en raison de la baisse des niveaux de phosphorylation des protéines dans ces voies.
En outre, la rapamycine est un inhibiteur de mTOR qui peut bloquer la voie de signalisation mTOR, entraînant une inhibition des fonctions auxquelles le FAM69C peut contribuer au sein de cette voie. La PP2, en inhibant les kinases de la famille Src, peut empêcher l'activation de certaines voies de transduction du signal, ce qui peut entraîner l'inhibition de la FAM69C. Enfin, Y-27632, un inhibiteur de ROCK, peut perturber l'organisation du cytosquelette et les processus d'adhésion cellulaire, qui sont des activités potentielles associées à FAM69C, conduisant ainsi à son inhibition fonctionnelle.
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