Les cyclines sont une famille de protéines régulatrices associées au contrôle de la progression du cycle cellulaire en activant les kinases dépendantes des cyclines (CDK). En supposant que la cycline 2b suive la convention de dénomination de cette famille, les activateurs de cette protéine se lieraient à elle, renforçant sa fonction régulatrice et son interaction avec ses partenaires CDK. Les caractéristiques structurelles de ces activateurs seraient conçues pour interagir spécifiquement avec la cycline 2b, éventuellement sur des sites allostériques qui induisent un changement de conformation facilitant la liaison et l'activation de la CDK associée, ou à l'interface où la cycline 2b interagit avec une CDK, stabilisant le complexe actif.
Pour découvrir et caractériser les activateurs de la cycline 2b, les chercheurs utiliseront une combinaison de modélisation in silico et d'essais biochimiques empiriques. Les premières étapes comprendraient probablement la détermination de la structure de la cycline 2b, si elle n'est pas déjà disponible, à l'aide de méthodes telles que la cristallographie aux rayons X ou la cryo-microscopie électronique. Ces connaissances structurelles guideraient la conception et l'optimisation d'activateurs potentiels par des techniques de chimie computationnelle, y compris l'amarrage moléculaire et le criblage virtuel de bibliothèques de composés pour prédire les molécules susceptibles de se lier à la cycline 2b et de l'activer. La synthèse et le test ultérieurs de ces composés in vitro impliqueraient l'évaluation de leur impact sur l'activité de la cycline 2b et de la CDK qui lui est associée dans des essais de progression du cycle cellulaire. Ces essais permettraient de mesurer la phosphorylation des substrats qui sont généralement régulés par le complexe cycline 2b-CDK, fournissant ainsi un indicateur de l'efficacité de l'activateur. L'affinement des composés activateurs se fera par des cycles itératifs d'études sur les relations structure-activité, au cours desquels des modifications seront apportées à la structure chimique en fonction des données biologiques. Ce processus permettrait d'obtenir une série de composés définissant la classe des activateurs de la cycline 2b, chacun présentant des degrés variables de spécificité et de puissance.
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