La classe chimique des inhibiteurs de la Connexine 36 comprend une variété de composés qui peuvent potentiellement inhiber la fonction de la Connexine 36 indirectement en ciblant les processus cellulaires et les voies de signalisation liés à la formation des jonctions lacunaires et à la communication neuronale. La carbénoxolone et l'acide 18α-glycyrrhétinique sont des bloqueurs de jonctions lacunaires connus qui peuvent perturber la communication intercellulaire, inhibant ainsi potentiellement les jonctions lacunaires médiées par la Cx36 dans les neurones. De même, le 2-APB, par sa modulation de la signalisation intracellulaire du Ca²⁺, peut influencer la fonction de la Cx36 dans la formation des jonctions lacunaires.
Les anti-inflammatoires non stéroïdiens comme l'acide méclofénamique et l'acide flufénamique, en perturbant la communication des jonctions lacunaires, pourraient indirectement inhiber la Cx36. La quinine et la lidocaïne, connues pour leurs effets sur les canaux ioniques, pourraient indirectement affecter la fonction de la Cx36 en modifiant l'excitabilité neuronale et la signalisation. Les anesthésiques tels que l'halothane, en modulant l'activité neuronale, peuvent potentiellement perturber les jonctions lacunaires neuronales impliquant la Cx36. La tétrodotoxine, en tant que bloqueur des canaux sodiques, pourrait également influencer l'activité neuronale et donc la fonction de la Cx36. L'octanol et l'heptanol, tous deux connus pour bloquer la communication entre les jonctions lacunaires, représentent une approche directe de l'inhibition des jonctions lacunaires, y compris celles formées par la Cx36. La baïcaléine, avec ses effets étendus sur les voies de signalisation, pourrait potentiellement avoir un impact sur l'expression ou la fonction de la Cx36 dans les neurones.
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