Les inhibiteurs chimiques de C6orf35 peuvent agir en perturbant diverses voies de signalisation qui régulent l'activité de cette protéine. La staurosporine est un inhibiteur de kinases à large spectre qui peut inhiber l'activité de plusieurs protéines kinases, qui peuvent être impliquées dans la phosphorylation et la régulation ultérieure de C6orf35. En inhibant ces kinases, la staurosporine peut empêcher la phosphorylation nécessaire au bon fonctionnement de C6orf35. De même, le Bisindolylmaleimide I cible la protéine kinase C (PKC), et si la phosphorylation médiée par la PKC est cruciale pour l'activité de C6orf35, cet inhibiteur peut supprimer sa fonction. LY294002 et Wortmannin ciblent tous deux PI3K, une autre kinase qui peut réguler diverses protéines par des voies de signalisation. Si le C6orf35 opère en aval de PI3K, l'inhibition par ces produits chimiques peut entraîner la perte de son activité fonctionnelle.
D'autres inhibiteurs qui ciblent des composants spécifiques des voies de signalisation cellulaires comprennent la rapamycine, qui inhibe la voie mTOR, un régulateur central de la croissance cellulaire et du métabolisme qui pourrait être en amont de C6orf35. Le PD98059, l'U0126 et le SB203580 sont des inhibiteurs sélectifs des composants des voies MAPK; le PD98059 et l'U0126 inhibent la MEK1/2 tandis que le SB203580 inhibe la MAPK p38. Si C6orf35 est activé par les voies MAPK/ERK ou p38 MAPK, ces inhibiteurs peuvent supprimer son activation. SP600125, qui inhibe JNK, une autre kinase des voies MAPK activées par le stress, peut également entraîner l'inhibition de C6orf35 s'il est régulé par la signalisation JNK. PP2, un inhibiteur des tyrosines kinases de la famille Src, peut perturber la régulation de C6orf35 si la phosphorylation médiée par la kinase Src est impliquée dans sa régulation. Enfin, le Gefitinib et le Lapatinib sont des inhibiteurs de tyrosine kinases associées aux voies EGFR et HER2; si le C6orf35 dépend de la signalisation par ces récepteurs, l'inhibition par ces produits chimiques peut entraîner une réduction de l'activité du C6orf35. Chacun de ces inhibiteurs peut interférer avec l'état de phosphorylation ou les voies de signalisation nécessaires à l'activité fonctionnelle du gène C6orf35, entraînant ainsi son inhibition fonctionnelle.
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