La wortmannine et le LY294002 sont tous deux des inhibiteurs de PI3K; en modulant la voie de signalisation PI3K/AKT, ils peuvent affecter les processus en aval qui régulent la fonction et l'interaction des protéines. Le PD0332991, en tant qu'inhibiteur de CDK4/6, peut influencer la machinerie du cycle cellulaire, qui à son tour peut réguler les protéines associées au contrôle du cycle cellulaire. L'inhibition du récepteur TGF-β par le SB431542 peut moduler les voies de signalisation SMAD, ce qui a un impact sur les interactions protéiques qui dépendent de cette voie.
La kinase Aurora, ciblée par le ZM447439, fait partie intégrante de la division cellulaire et son inhibition peut modifier les protéines liées aux processus mitotiques. SP600125 agit sur JNK, modulant les voies de la protéine kinase activée par le stress, ce qui peut influencer la fonction des protéines répondant aux signaux de stress cellulaire. Y-27632 et U0126 ciblent respectivement ROCK et MEK, tous deux impliqués dans des voies qui affectent le cytosquelette et la voie de signalisation ERK/MAPK, ce qui peut avoir des effets étendus sur l'activité des protéines. L'action de la 5-azacytidine sur l'ADN méthyltransférase peut entraîner des changements dans l'expression des gènes, ce qui peut affecter les niveaux de protéines. L'inhibition du protéasome par le MG132 peut stabiliser les protéines en empêchant leur dégradation, ce qui influence leur activité. L'inhibition de la gamma-sécrétase par le DAPT peut avoir un impact sur la voie de signalisation Notch, et cette modulation peut affecter la façon dont les protéines interagissent au sein de cette voie. L'inhibition de mTOR par la rapamycine peut avoir un effet significatif sur la synthèse des protéines, modulant ainsi l'activité des protéines sensibles aux taux de synthèse.
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