Les inhibiteurs chimiques de C12orf44 ciblent différentes étapes de la voie de l'autophagie dans laquelle cette protéine joue un rôle clé. La 3-Méthyladénine, par exemple, est connue pour inhiber l'autophagie en bloquant la formation des autophagosomes, une étape cruciale dans laquelle C12orf44 est impliquée. De même, la wortmannine et le LY294002 sont des inhibiteurs de PI3K qui entravent la voie de signalisation PI3K/AKT cruciale pour l'autophagie, inhibant ainsi indirectement les activités du C12orf44. La spautine-1 cible les peptidases spécifiques de l'ubiquitine qui font partie du processus d'autophagie et, ce faisant, elle peut restreindre le rôle fonctionnel de C12orf44. La chloroquine et la bafilomycine A1 empêchent la fusion entre les autophagosomes et les lysosomes, un processus qui dépend du bon fonctionnement des protéines liées à l'autophagie, dont le C12orf44. La concanamycine A fonctionne de la même manière que la bafilomycine A1, en perturbant la voie de l'autophagie en aval de l'activité de C12orf44.
En outre, la thapsigargin perturbe l'homéostasie du calcium cellulaire, qui est un autre facteur important dans la régulation de l'autophagie, et cette perturbation est susceptible d'inhiber les fonctions de C12orf44 liées à l'autophagie. Le Lys05, en tant que double inhibiteur lysosomal, perturbe les processus autophagiques, y compris la maturation des autophagosomes, dans lesquels le C12orf44 joue un rôle. MHY1485 active mTOR, qui est un régulateur négatif de l'autophagie, et cette activation peut inhiber la fonction du complexe ULK1 qui comprend C12orf44, entravant ainsi son rôle dans l'initiation de l'autophagie. L'autophinib, en inhibant la formation des autophagosomes, peut supprimer la fonction de C12orf44, qui est impérative pour ce processus. Enfin, SBI-0206965, en inhibant l'activité de la kinase ULK1, peut freiner l'initiation de l'autophagie, inhibant ainsi les activités fonctionnelles de C12orf44 qui sont associées à ce stade précoce du processus autophagique. Chacun de ces produits chimiques, par leurs actions distinctes sur la voie de l'autophagie, peut entraver le rôle fonctionnel du C12orf44 dans ce processus cellulaire essentiel.
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