Les inhibiteurs de l'Atg4D consistent en un groupe diversifié de composés chimiques qui interfèrent avec le flux autophagique, inhibant ainsi indirectement l'activité protéolytique de l'Atg4D sur les protéines liées à LC3, ce qui est essentiel pour le processus autophagique. Par exemple, les inhibiteurs de la H+-ATPase vacuolaire, tels que la Concanamycine A et la Bafilomycine A1, empêchent l'acidification des lysosomes, une étape nécessaire à la fusion des autophagosomes avec les lysosomes. Sans une acidification adéquate, la dégradation des substrats autophagiques est entravée, ce qui peut affecter l'activité de l'Atg4D. L'Atg4D joue un rôle crucial dans la préparation des protéines liées à LC3 par délipidation, un processus qui permet le recyclage de ces protéines et la promotion d'autres événements autophagiques.
D'autres composés, comme la chloroquine et la 3-méthyladénine, inhibent l'autophagie par différents mécanismes. La chloroquine augmente le pH des vésicules intracellulaires, ce qui perturbe la maturation des autophagosomes, tandis que la 3-méthyladénine inhibe la classe III PI3K, empêchant la formation d'autophagosomes à un stade précoce.
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