Les inhibiteurs de l'Arylsulfatase J sont un ensemble diversifié de composés chimiques qui empêchent l'enzyme d'hydrolyser les esters de sulfate, ce qui est une fonction critique dans divers processus biologiques. Les agents oxydants comme le chlorate de sodium peuvent inactiver l'enzyme en modifiant le résidu cystéine critique dans son site actif, tandis que des composés comme l'héparine et la suramine se lient directement à l'arylsulfatase J, entravant l'accès au substrat et induisant des changements de conformation qui diminuent l'activité enzymatique. Le phénylméthylsulfonyl fluorure et la 1,8-dihydroxyanthraquinone inhibent l'enzyme en modifiant de manière covalente ou en s'intercalant dans son site actif, respectivement, ce qui empêche la fixation du substrat et diminue la fonction catalytique de l'Arylsulfatase J.
Par exemple, la warfarine, en inhibant la vitamine K époxyde réductase, pourrait conduire à l'accumulation de substrats de sulfatase, réduisant ainsi l'efficacité de l'Arylsulfatase J. Le sulfate de cuivre et l'acétate de plomb interfèrent avec la structure de l'enzyme et la liaison des cofacteurs métalliques, entraînant une dénaturation et une perte d'activité. Le molybdate entre en compétition avec les substrats naturels de l'enzyme en tant qu'analogue du sulfate, tandis que le disulfirame modifie les résidus de cystéine essentiels à l'activité de l'enzyme. La chloroquine modifie le pH lysosomal, altérant l'environnement acide nécessaire à l'Arylsulfatase J, et le méthotrexate entraîne une diminution de la synthèse des macromolécules, ce qui pourrait avoir un impact sur la stabilité et la fonction de l'enzyme. Collectivement, ces inhibiteurs utilisent une série de mécanismes pour diminuer efficacement l'activité fonctionnelle de l'Arylsulfatase J.
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