Les activateurs chimiques de l'ANKRD39 comprennent une variété de composés qui influencent les voies de signalisation intracellulaires, conduisant à la phosphorylation et à l'activation de cette protéine. La forskoline agit directement sur l'adénylate cyclase pour augmenter la production d'AMP cyclique (AMPc), un messager secondaire qui active la protéine kinase A (PKA). Une fois activée, la PKA peut phosphoryler l'ANKRD39, modulant ainsi son activité. De même, le dibutyryl-cAMP (db-cAMP) et le 8-bromo-cAMP, deux analogues de l'AMPc, pénètrent dans les cellules et activent la PKA qui, à son tour, phosphoryle l'ANKRD39. Le phorbol 12-myristate 13-acétate (PMA) et le 4α-Phorbol 12,13-didécanoate sont des analogues du diacylglycérol (DAG) et activent la protéine kinase C (PKC). Une fois activée, la PKC peut phosphoryler l'ANKRD39. Le bisindolylmaléimide I, bien qu'étant principalement un inhibiteur de la PKC, peut, dans certaines conditions, activer certaines isoformes de la PKC, qui peuvent alors phosphoryler et activer l'ANKRD39.
D'autres substances chimiques activent ANKRD39 par différents mécanismes impliquant la signalisation calcique et l'inhibition de la phosphatase. L'Ionomycine et l'A-23187 sont des ionophores calciques qui augmentent les niveaux de calcium intracellulaire, ce qui peut activer les kinases calmoduline-dépendantes capables de phosphoryler ANKRD39. L'acide okadaïque et la caliculine A inhibent tous deux les protéines phosphatases 1 et 2A, qui déphosphorylent normalement les protéines, maintenant ainsi ANKRD39 dans un état phosphorylé. L'anisomycine active les protéines kinases activées par le stress (SAPK), qui peuvent alors également phosphoryler ANKRD39. Enfin, l'épigallocatéchine gallate (EGCG) influence l'activité des kinases et peut augmenter la phosphorylation d'ANKRD39 par l'intermédiaire de kinases non identifiées. Chacun de ces activateurs, par des moyens différents, favorise la phosphorylation et l'activité résultante d'ANKRD39 dans les voies de signalisation cellulaires.
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