Les inhibiteurs chimiques de l'ANKRD13A peuvent inhiber fonctionnellement la protéine par divers mécanismes biochimiques. La trichostatine A, par exemple, inhibe l'histone désacétylase (HDAC), ce qui entraîne une hyperacétylation des histones et éventuellement des protéines non histones, perturbant les interactions protéine-protéine qui sont cruciales pour la fonction de l'ANKRD13A. Le MG132 et la lactacystine, deux inhibiteurs du protéasome, peuvent empêcher la dégradation des protéines ubiquitinées, ce qui entraîne l'accumulation potentielle et l'inhibition fonctionnelle de l'ANKRD13A ubiquitiné. Le bortézomib, un autre inhibiteur du protéasome, induit un stress protéotoxique qui peut perturber le fonctionnement normal d'ANKRD13A. La Withaferin A perturbe le réseau cytosquelettique, ce qui pourrait inhiber la localisation et la fonction cellulaires d'ANKRD13A. La geldanamycine, un inhibiteur de Hsp90, peut perturber le repliement des protéines clientes, qui peuvent inclure ANKRD13A, conduisant à une inhibition fonctionnelle.
Dans le prolongement de cette ligne de pensée, le cycloheximide inhibe la synthèse des protéines eucaryotes, réduisant ainsi directement la synthèse d'ANKRD13A. La concanamycine A, un inhibiteur de la V-ATPase, perturbe l'homéostasie du pH cellulaire, ce qui est susceptible d'affecter la conformation et la fonction de l'ANKRD13A. La thapsigargin, un inhibiteur de la pompe SERCA, perturbe l'homéostasie du calcium, affectant potentiellement la fonction d'ANKRD13A par des voies dépendantes du calcium. L'acide rétinoïque tout-trans modifie l'expression des gènes, affectant potentiellement la fonction de l'ANKRD13A par les voies de signalisation de l'acide rétinoïque. La tunicamycine inhibe la glycosylation liée à l'azote, ce qui peut nuire au repliement et à la fonction de l'ANKRD13A. Enfin, l'oligomycine, en inhibant l'ATP synthase, perturbe l'équilibre énergétique cellulaire, ce qui peut influencer la fonction de l'ANKRD13A.
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