L'acide rétinoïque exerce ses effets en se liant aux récepteurs de l'acide rétinoïque, en modifiant l'expression des gènes et en augmentant potentiellement la synthèse des protéines. Parallèlement, la 5-Azacytidine agit comme un inhibiteur de l'ADN méthyltransférase, favorisant la déméthylation des gènes et l'augmentation subséquente de l'expression des gènes. La trichostatine A et le butyrate de sodium, tous deux inhibiteurs des histones désacétylases, induisent un remodelage de la chromatine qui facilite l'activation transcriptionnelle de divers gènes. Dans l'axe de signalisation du TGF-β, le SB 431542 inhibe spécifiquement le récepteur de type I ALK5, altérant la signalisation SMAD en aval et modulant par conséquent les schémas d'expression génique. De même, la voie PI3K/AKT, un nœud critique de la signalisation cellulaire, est ciblée par le LY294002, qui peut entraîner des modifications de l'expression des protéines par son action inhibitrice sur PI3K. Le PD98059, un inhibiteur spécifique de la MEK, agit sur la voie MAPK/ERK, influençant encore davantage les mécanismes de régulation régissant l'expression des protéines.
La rapamycine, un inhibiteur de mTOR, joue un rôle central dans le contrôle de la synthèse des protéines, exerçant ainsi une large influence sur les niveaux de protéines cellulaires. Dans le même esprit d'amélioration de la signalisation intracellulaire, la forskoline augmente les niveaux d'AMPc, un messager secondaire ayant divers effets sur les processus cellulaires, y compris l'expression des protéines. L'état métabolique cellulaire est également un facteur clé dans la modulation de l'activité des protéines, le 2-Deoxy-D-glucose inhibant la glycolyse et ayant donc un impact potentiel sur l'équilibre énergétique cellulaire et la fonction des protéines. La stabilité des protéines est tout aussi importante: le MG132, un inhibiteur du protéasome, et la chloroquine, un inhibiteur de la dégradation lysosomale, empêchent la dégradation des protéines à l'intérieur de la cellule. En inhibant ces voies de dégradation, ils contribuent à augmenter l'abondance des protéines cellulaires.
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