Les inhibiteurs chimiques de l'AAA ATPase 1 de type AFG3 peuvent affecter la fonction de la protéine par différents mécanismes, principalement en modifiant l'environnement mitochondrial ou en inhibant directement les voies moléculaires qui sont cruciales pour son activité. L'oligomycine A, par exemple, inhibe directement l'ATP synthase mitochondriale, ce qui entraîne une diminution de la production d'ATP. Étant donné que l'AFG3-like AAA ATPase 1 a besoin d'ATP pour fonctionner, une réduction des niveaux d'ATP peut inhiber l'activité ATPase de la protéine. De même, la concanamycine A affecte indirectement la protéine en inhibant les V-ATPases, qui sont essentielles pour maintenir l'acidification des organites intracellulaires, y compris les mitochondries. La modification du pH peut affecter la fonctionnalité de l'AAA ATPase 1 de type AFG3. Un autre composé, le CCCP, perturbe le potentiel de la membrane mitochondriale en découplant la phosphorylation oxydative, qui est fondamentale pour le maintien du gradient électrochimique requis par les protéines mitochondriales, y compris l'ATPase 1 AAA de type AFG3.
Les inhibiteurs du protéasome tels que l'époxomicine, le bortézomib et le MG-132 peuvent également affecter l'activité de la protéine en entraînant l'accumulation de protéines mal repliées ou endommagées dans la cellule, surchargeant ainsi la voie de dégradation des protéines qui implique l'ATPase 1 AAA de type AFG3. Cela peut indirectement inhiber la protéine en l'empêchant de jouer correctement son rôle dans le contrôle de la qualité des protéines mitochondriales. De même, le mdivi-1, en inhibant la division mitochondriale, peut perturber l'équilibre régulier de la dynamique mitochondriale, affectant ainsi potentiellement l'activité fonctionnelle de l'AAA ATPase 1 de type AFG3 dans le processus de maintenance mitochondriale. D'autres composés comme l'Alisertib et le Parthénolide agissent plus indirectement; l'Alisertib en inhibant l'aurora kinase A qui est impliquée dans la dynamique mitochondriale, et le Parthénolide en inhibant la voie NF-kB, qui peut influencer la fonction et l'entretien des mitochondries. Enfin, la chloroquine perturbe l'acidification des lysosomes et le processus d'autophagie, qui est lié au réseau de contrôle de la qualité mitochondriale dont fait partie l'AFG3-like AAA ATPase 1, ce qui affecte le rôle de la protéine dans la maintenance mitochondriale.
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