PPPDE1 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-412095

Panoramica

PPPDE1 (citato anche in alcuni contesti come DESI2) codifica una proteina conservata di tipo deubiquitinasi/peptidasi, implicata nella regolazione post-traduzionale della stabilità proteica e della segnalazione attraverso la modifica di coniugati ubiquitino-simili. Influenzando la proteostasi e il turnover di proteine regolatorie chiave, PPPDE1 può incidere su processi cellulari quali le risposte allo stress, il controllo del ciclo cellulare e vie legate al controllo di qualità delle proteine di membrana e citosoliche. Un’alterata espressione di PPPDE1 e una segnalazione ubiquitina-dipendente deregolata sono state riportate in contesti rilevanti per il cancro e l’infiammazione, a supporto della sua utilità come nodo per studi meccanicistici della segnalazione oncogenica e dell’omeostasi cellulare. L’analisi della perdita di funzione di PPPDE1 può aiutare a definire le dipendenze di via e i substrati a valle nelle cellule umane.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO PPPDE1 (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene DESI2 in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del DESI2 insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto DESI2 a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina PPPDE1.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di DESI2 per lo studio della segnalazione di PPPDE1, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni DESI2 critici per la funzione di PPPDE1
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di DESI2 per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal PPPDE1 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal PPPDE1 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus DESI2. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal PPPDE1 Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR PPPDE1 (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia DESI2 per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio DESI2 definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.