IVNS1ABP Plásmido CRISPR/Cas9 KO (h): sc-409224

Descripción general

IVNS1ABP (proteína de unión NS1A del virus de la influenza) es un factor del huésped de unión a ARN que participa en la biogénesis del ARNm, incluido el empalme alternativo, y en la regulación del procesamiento del ARN mediante interacciones con complejos asociados al espliceosoma y a la transcripción. Se ha estudiado como mediador de la biología de la interfaz huésped–virus debido a su capacidad para asociarse con proteínas virales, al tiempo que contribuye a un control más amplio de programas de expresión génica que influyen en el crecimiento celular y las respuestas al estrés. La perturbación de las redes reguladoras de ARN vinculadas a IVNS1ABP puede alterar la señalización aguas abajo y el equilibrio de isoformas de transcritos, procesos implicados con frecuencia en la tumorigenesis y en otras enfermedades impulsadas por un metabolismo del ARN desregulado. Como resultado, IVNS1ABP es relevante para estudios mecanísticos del control postranscripcional, las vías de defensa del huésped y los efectos dependientes del contexto sobre la homeostasis celular.

El plásmido CRISPR/Cas9 KO IVNS1ABP (h) es un conjunto de plásmidos diseñado para la interrupción selectiva del gen IVNS1ABP en líneas celulares human. Cada plásmido del conjunto coexpresa un ARN guía específico (sgRNA) único, dirigido a un sitio distinto dentro del locus IVNS1ABP, junto con la nucleasa Cas9 de Streptococcus pyogenes, y codifica GFP para permitir la identificación fluorescente y el enriquecimiento de las células transfectadas con éxito. Esta estrategia multiguía aumenta la probabilidad de inducir desplazamientos de marco de lectura o deleciones que produzcan una inactivación funcional, ofreciendo una alternativa más robusta a los enfoques de guía única. Las DSB inducidas en múltiples sitios se resuelven mediante unión de extremos no homólogos (NHEJ) o, cuando se utiliza con la plantilla donante HDR incluida, mediante reparación dirigida por homología (HDR) en un sitio diana definido dentro del locus.

Cuando se utiliza junto con el donante HDR que expresa RFP, la fluorescencia de GFP y RFP puede utilizarse conjuntamente para distinguir las poblaciones de células transfectadas de las editadas, lo que agiliza los flujos de trabajo de clasificación y selección de clones basados en citometría de flujo.

Donante de reparación dirigida por homología (HDR) — Casete de puromicina con reportero RFP

Para aplicaciones que requieren clones knockout confirmados y seleccionables, el plásmido HDR IVNS1ABP (h) incluye un constructo donante HDR que contiene un casete de resistencia a la puromicina (PuroR) y un reportero de proteína fluorescente roja (RFP), flanqueado por brazos de homología específicos de un sitio diana definido IVNS1ABP.
Cuando se cotransfecciona con el plásmido IVNS1ABP CRISPR/Cas9 KO (h):

• El casete PuroR-RFP se integra en el sitio de corte de Cas9 mediante HDR, interrumpiendo el marco de lectura abierto IVNS1ABP.
  La fluorescencia de la RFP proporciona un indicador visual inmediato del éxito de la integración, lo que permite la identificación o clasificación basada en la fluorescencia de las células editadas antes o junto con la selección con puromicina.
  Las células editadas con éxito se confirman mediante la resistencia a la puromicina, lo que reduce sustancialmente la carga de cribado de clones.
  Esta estrategia de selección es ideal para generar líneas celulares KO clonales estables para estudios funcionales posteriores, cribado de fármacos o desarrollo de modelos.

Sistema de eliminación del casete Cre-lox

La construcción donante HDR cuenta con sitios loxP que flanquean el casete de selección PuroR-RFP para permitir la eliminación limpia del marcador tras la confirmación del clon. La expresión transitoria de la recombinasa Cre a través del vector Cre: sc-418923 incluido extirpa el casete, dejando un sitio loxP residual mínimo dentro del locus IVNS1ABP y eliminando posibles efectos de confusión en los ensayos posteriores.
Este enfoque en dos pasos:

• Minimiza la alteración de la arquitectura local de la cromatina y de los elementos reguladores vecinos
  Restaura un contexto genómico casi nativo en el locus editado
  Permite reutilizar la estrategia de selección con puromicina en la misma línea celular para ediciones adicionales

Características principales

• gRNA dirigido a los exones IVNS1ABP críticos para la función IVNS1ABP
  Coexpresión de SpCas9 y sgRNA a partir de un único plásmido para una administración simplificada
  Donante HDR con resistencia a la puromicina para la selección positiva de clones
  Casete PuroR flanqueado por loxP con vector de recombinasa Cre para la eliminación sin fisuras del marcador
  Se suministra listo para su uso mediante transfección

Sólo para uso en investigación. No destinado a uso diagnóstico o terapéutico.