ERAP1 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (m): sc-429840
- Specie Target: mouse
- 20 µg di DNA plasmidico purificato, pronto per trasfezione; sufficiente fino a 20 trasfezioni
- ERAP1 Il plasmide CRISPR/Cas9 Knockout (KO) (m) è un pool di plasmidi, ciascuno dei quali codifica la nucleasi Cas9 e un RNA guida (gRNA) specifico per il bersaglio di 20 nt, progettato per la massima efficienza di knockout utilizzando sequenze derivate dalla libreria GeCKO v2
- Le sequenze gRNA indirizzano Cas9 a indurre rotture a doppio filamento (DSB) sito-specifiche nel locus genomico ERAP1, con conseguente knockout genico tramite giunzione non omologa (NHEJ)
- ERAP1 HDR Plasmid (m) (sc-429840-HDR) è raccomandato per la cotrasfezione con ERAP1 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (m) per consentire la selezione delle cellule modificate con successo attraverso l'integrazione mediata da HDR di un cassetto di resistenza alla puromicina e del gene reporter RFP
- Il ERAP1 Plasmid HDR (m) è un pool di plasmidi, ciascuno contenente un modello di riparazione diretta dall'omologia (HDR) corrispondente ai siti bersaglio del gRNA nel ERAP1 Plasmid CRISPR/Cas9 KO (m)
- Ciascun plasmide HDR contiene due bracci di omologia di circa 800 bp che fiancheggiano i cassetti di resistenza alla puromicina e RFP, progettati per legarsi alle sequenze di DNA genomico che circondano il sito di rottura a doppio filamento indotto da Cas9 e facilitare l'integrazione precisa mediata da HDR
- I geni di resistenza alla puromicina e RFP sono fiancheggiati da siti LoxP, consentendo la rimozione dei marcatori di selezione tramite la ricombinasi Cre (Cre Vector: sc-418923) dopo aver stabilito linee cellulari knockout stabili
- In seguito alla trasfezione, l'efficienza dll'attivazione genica può essere testata con WB, IF o IHC utilizzando l'anticorpo: ERAP1 Antibody (B-10): sc-271823
Informazioni ordini
| Nome del prodotto | Codice del prodotto | UNITÀ | Prezzo | Quantità | Preferiti | |
ERAP1 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (m) | sc-429840 | 20 µg | $397.00 | |||
ERAP1 Plasmide HDR (m) | sc-429840-HDR | 20 µg | $445.00 |
Panoramica
Il gene murino Erap1 codifica l’aminopeptidasi 1 del reticolo endoplasmatico (ERAP1), un’aminopeptidasi M1 zinco-dipendente che rifinisce i precursori dei peptidi antigenici fino a lunghezze ottimali per il caricamento su MHC di classe I nel RE. Modellando il repertorio peptidico presentato sulla superficie cellulare, ERAP1 influenza l’elaborazione e la presentazione dell’antigene, il riconoscimento da parte dei linfociti T citotossici e la sorveglianza immunitaria. L’attività di ERAP1 si interseca con le vie dipendenti da proteasoma/TAP e contribuisce al controllo qualità delle proteine del RE e all’omeostasi peptidica. Una funzione o un’espressione di ERAP1 deregolate sono state associate a un’immunogenicità alterata e a fenotipi infiammatori, rendendo i modelli di perdita di funzione di Erap1 utili per studiare i meccanismi delle malattie immuno-mediate e le dinamiche della presentazione dell’antigene.
ERAP1 Il plasmide CRISPR/Cas9 KO (m) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene Erap1 in mouse linee cellulari. Ogni plasmide del pool co-esprime un sgRNA unico, mirato a un sito distinto all'interno del locus Erap1, insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes, e codifica per la GFP per consentire l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo. Questa strategia multi-guida aumenta la probabilità di indurre spostamenti di lettura o delezioni che producono un knockout funzionale, offrendo un'alternativa più robusta agli approcci a guida singola. Le DSB indotte in più siti vengono risolte tramite giunzione non omologa (NHEJ) o, se utilizzate con il modello donatore HDR incluso, tramite riparazione diretta dall'omologia (HDR) in un sito bersaglio definito all'interno del locus.
Se utilizzato in combinazione con il donatore HDR che esprime RFP, la fluorescenza GFP e RFP può essere utilizzata insieme per distinguere le popolazioni cellulari trasfettate da quelle modificate, semplificando i flussi di lavoro di selezione e selezione dei cloni basati sulla citometria a flusso.
Donatore per riparazione diretta dall'omologia (HDR) — Cassetta puromicina con reporter RFP
Per applicazioni che richiedono cloni knockout confermati e selezionabili, il ERAP1 Plasmide HDR (m) include un costrutto donatore HDR contenente una cassetta di resistenza alla puromicina (PuroR) e un reporter proteina fluorescente rossa (RFP), affiancati da bracci di omologia specifici per un sito bersaglio definito Erap1.
Se cotrasfettato con il ERAP1 Plasmide CRISPR/Cas9 KO (m):
- La cassetta PuroR-RFP si integra nel sito di taglio di Cas9 tramite HDR, interrompendo il frame di lettura aperto Erap1.
La fluorescenza RFP fornisce un indicatore visivo immediato dell'integrazione riuscita, consentendo l'identificazione o la selezione basata sulla fluorescenza delle cellule modificate prima o parallelamente alla selezione con puromicina.
Le cellule modificate con successo vengono confermate attraverso la resistenza alla puromicina, riducendo sostanzialmente il carico di screening dei cloni.
Questa strategia di selezione è ideale per generare linee cellulari KO clonali stabili per studi funzionali a valle, screening farmacologico o sviluppo di modelli.
Sistema di rimozione della cassetta Cre-lox
Il costrutto donatore HDR presenta siti loxP che fiancheggiano la cassetta di selezione PuroR-RFP per consentire la rimozione pulita del marcatore dopo la conferma del clone. L'espressione transiente della ricombinasi Cre tramite il vettore Cre incluso : sc-418923 elimina la cassetta, lasciando un sito loxP residuo minimo all'interno del locus Erap1 ed eliminando potenziali effetti confondenti sui saggi a valle.
Questo approccio in due fasi:
- Riduce al minimo la perturbazione dell'architettura cromatinica locale e degli elementi regolatori adiacenti
Ripristina un contesto genomico quasi nativo nel locus modificato
Consente il riutilizzo della strategia di selezione con puromicina nella stessa linea cellulare per ulteriori modifiche
Caratteristiche principali
- gRNA mirato agli esoni Erap1 critici per la funzione ERAP1
Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
Donore HDR con resistenza alla puromicina per la selezione positiva dei cloni
Cassetta PuroR fiancheggiata da loxP con vettore ricombinasi Cre per la rimozione senza soluzione di continuità del marcatore
Fornito pronto all'uso per la somministrazione tramite trasfezione
Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.