Plasmide CRISPR/Cas9 KO DDRGK1 (h): sc-413090

Présentation

DDRGK1 (DDRGK domain containing 1 ; également connu sous le nom d’UFBP1) est un composant essentiel du système de conjugaison UFM1, qui contribue à l’homéostasie du réticulum endoplasmique (RE) et au contrôle qualité des protéines. La protéine participe à l’UFMylation au niveau du RE, reliant des processus associés au ribosome et la dégradation associée au RE (ERAD) à l’adaptation cellulaire au stress, notamment via la réponse aux protéines mal repliées (unfolded protein response, UPR). Par ces voies, DDRGK1 influence la protéostasie, la survie cellulaire en conditions de stress du RE et la coordination de la prise en charge des protéines sécrétoires. La dérégulation de facteurs de la voie UFM1, dont DDRGK1, a été associée à une vulnérabilité cellulaire dans des contextes tels que les dysfonctions hématopoïétiques et la biologie des maladies liées au stress, ce qui en fait une cible utile pour des études mécanistiques.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO DDRGK1 (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène DDRGK1 dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du DDRGK1, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert DDRGK1 à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine DDRGK1.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en DDRGK1 pour l'étude de la signalisation de DDRGK1, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de DDRGK1 essentiels à la fonction de DDRGK1
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de DDRGK1 pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le DDRGK1 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le DDRGK1 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus DDRGK1. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le DDRGK1 plasmide HDR (h) et le DDRGK1 (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie DDRGK1 pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles DDRGK1 définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.