ALKBH6 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h): sc-407122

Übersicht

ALKBH6 kodiert ein Mitglied der AlkB-Familie Fe(II)/2‑Oxoglutarat‑abhängiger Dioxygenasen, einer Proteingruppe, die vor allem für oxidative Demethylierungsreaktionen an Nukleinsäuren und verwandten Metaboliten bekannt ist. Obwohl ALKBH6 bislang weniger gut charakterisiert ist als andere ALKBH‑Paraloge, wird es im Zusammenhang mit zellulären Antworten auf Alkylierungsstress, der Aufrechterhaltung der Genomintegrität und der Regulation von Prozessen untersucht, die mit Nukleinsäuremodifikationen verknüpft sind. Eine Fehlregulation von Komponenten des AlkB‑Signalwegs wird häufig im Hinblick auf Zusammenhänge mit Mutationslast, Replikationsstress und veränderten RNA-/DNA‑Modifikationslandschaften bei Krebs und anderen mit Genominstabilität assoziierten Erkrankungen untersucht. Modelle zur Störung von ALKBH6 unterstützen mechanistische Studien zur Signalübertragung der DNA‑Schadensantwort, zur Wahl von Reparaturwegen sowie zu nachgelagerten transkriptionellen oder epitranskriptomischen Konsequenzen.

Das ALKBH6 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) ist ein Pool von Plasmiden, die für die gezielte Disruption des ALKBH6-Gens in human-Zelllinien entwickelt wurden. Jedes Plasmid koexprimiert eine einzigartige Single-Guide-RNA (sgRNA), die auf eine bestimmte Stelle innerhalb des ALKBH6-Gens abzielt, zusammen mit der Streptococcus pyogenes Cas9-Nuklease. Die Plasmide kodieren zudem für GFP, was die fluoreszente Identifizierung und Anreicherung erfolgreich transfizierter Zellen mittels Fluoreszenzmikroskopie oder Durchflusszytometrie ermöglicht.

Das Multi-Guide-Design erhöht die Wahrscheinlichkeit, dass Insertionen oder Deletionen (Indels) entstehen, die den offenen Leserahmen von ALKBH6 nach der Cas9-vermittelten Bildung von Doppelstrangbrüchen unterbrechen. Durch das CRISPR/Cas9-System verursachte DNA-Brüche werden über endogene NHEJ-Wege (Non-Homologous End Joining) repariert, was häufig zu Frameshift-Mutationen führt, die die ALKBH6-Proteinexpression aufheben.

Dieses CRISPR-Knockout-System ermöglicht die effiziente Erzeugung von ALKBH6-defizienten Zellmodellen zur Untersuchung der ALKBH6-Signalübertragung, für funktionelle Genomstudien, in der Krebsbiologieforschung sowie zur Bewertung therapeutischer Reaktionen in menschlichen Zelllinien.

Hauptmerkmale

• sgRNAs, die auf ALKBH6-Exone abzielen, die für die ALKBH6-Funktion entscheidend sind
  Ko-Expression von SpCas9 und sgRNA aus einem einzigen Plasmid zur vereinfachten Verabreichung
  GFP-Reporter zur Identifizierung transfizierter Zellen
  Pool von Plasmiden, die auf mehrere ALKBH6-Genomstellen abzielen, um die Knockout-Effizienz zu verbessern
  Kompatibel mit der Verabreichung durch Transfektion

Designvarianten

CRISPRs +/- HDRs

• gRNAs, die vom ALKBH6 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) und vom ALKBH6 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h2) kodiert werden, zielen auf unterschiedliche Stellen innerhalb des ALKBH6-Lokus ab. Es kann ein oder beide Targeting-Designs verfügbar sein. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.
  HDR-Donorkonstrukte, kodiert durch das ALKBH6 HDR-Plasmid (h) und ALKBH6 HDR-Plasmid (h2) kodiert, enthalten eine Puromycin-Resistenzkassette und einen RFP-Reporter, flankiert von ALKBH6-Homologiearmen, um die homologe Reparatur an definierten ALKBH6-Zielstellen entsprechend den CRISPR/Cas9-KO-Designs zu unterstützen. Die Verfügbarkeit von HDR-Donoren kann variieren. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.

Nur für Forschungszwecke. Nicht für diagnostische oder therapeutische Zwecke bestimmt.