Los inhibidores químicos de ZNF202 pueden actuar a través de varios mecanismos para alterar su función, principalmente dirigiéndose a sus dominios de dedos de zinc, que son esenciales para la unión al ADN. El 2-mercaptoetanol, por ejemplo, interfiere con los enlaces disulfuro dentro de estos dominios, induciendo cambios conformacionales que inhiben la capacidad del ZNF202 para interactuar con el ADN. Del mismo modo, la 1,10-fenantrolina y el PDTC actúan quelando los iones de zinc, privando al ZNF202 de su cofactor estructural necesario para mantener su conformación de unión al ADN. El TPEN, un quelante más selectivo, también secuestra iones de zinc, y esta depleción resulta en la inhibición funcional del ZNF202 al desestabilizar sus cruciales motivos de dedos de zinc.
Al alterar aún más los dedos de zinc del ZNF202, compuestos como el clotrimazol y el ebseleno ejercen sus efectos inhibidores uniéndose directamente a los dominios de los dedos de zinc de la proteína. El clotrimazol altera la conformación de la proteína, impidiendo su interacción con el ADN, mientras que la interacción del Ebselen con los residuos de cisteína tiene el potencial de modificar la integridad estructural de los dominios de los dedos de zinc. El dietilditiocarbamato sigue un camino similar de quelación del zinc, desprendiendo los iones metálicos críticos para la función de ZNF202. La modificación covalente de los residuos de cisteína del ZNF202 por 3,5-dibromo-4-hidroxibenzaldehído interrumpe su actividad de unión al ADN. Destaca el ácido aurintricarboxílico, que inhibe la interacción entre los ácidos nucleicos y ZNF202, impidiendo así que la proteína se una a sus secuencias de ADN diana. La inhibición por Clioquinol y Piritiona de zinc también se atribuye a su capacidad para quelar zinc, pero con implicaciones adicionales sobre la homeostasis del zinc, que puede afectar a la competencia estructural de los dominios zinc finger de ZNF202. Por último, el óxido de fenilarsina se une a los tioles vicinales, perturbando probablemente la coordinación del tiolato de zinc dentro de los dedos de zinc de ZNF202, lo que conduce a su inhibición funcional.
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