Los inhibidores químicos de la TMEM39B alteran su correcto funcionamiento a través de varios mecanismos que afectan al transporte celular y al procesamiento de proteínas. La brefeldina A ataca directamente el tráfico de vesículas entre el aparato de Golgi y el retículo endoplásmico inhibiendo el factor de ADP-ribosilación, una pequeña GTPasa esencial para el movimiento de vesículas. Esta acción dificulta el transporte y la correcta localización de TMEM39B dentro de la célula. La monensina, un ionóforo, altera la función del Golgi modificando su pH, lo que posteriormente afecta a la localización y función de la TMEM39B. La tunicamicina, al inhibir la glicosilación ligada al N, afecta al proceso de glicosilación de la TMEM39B, lo que puede dar lugar a un plegamiento y funcionamiento incorrectos de la proteína. La ciclosporina A, al inhibir la calcineurina, altera los procesos de desfosforilación que pueden tener efectos posteriores en el tráfico y la funcionalidad de la TMEM39B.
El dinasore, al inhibir la GTPasa dinamina, impide el proceso de endocitosis, que es crucial para el reciclaje y la redistribución de la TMEM39B a los lugares celulares apropiados. Del mismo modo, la clorpromazina interrumpe la endocitosis mediada por clatrina, una vía que podría ser vital para la internalización y posterior tráfico de TMEM39B. El nocodazol y la colchicina actúan sobre la polimerización de los microtúbulos, un componente clave en el transporte intracelular de vesículas, lo que podría inhibir el movimiento de TMEM39B dentro de la célula. La swinholida A y la citocalasina D alteran el citoesqueleto de actina al cortar los filamentos de actina e inhibir la polimerización, respectivamente, lo que puede afectar a la posición y el movimiento de orgánulos y vesículas, influyendo así en la distribución y la función de la TMEM39B. Por último, la oligomicina compromete la ATP sintasa mitocondrial, lo que puede dar lugar a una disminución de los niveles de ATP dentro de la célula; el ATP es una molécula crítica para muchos procesos celulares, incluidos los que rigen el tráfico de vesículas y la función de las proteínas, afectando así a la actividad de TMEM39B.
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