Los inhibidores de TCEANC actúan interfiriendo en múltiples procesos y vías celulares que son esenciales para su papel en la elongación de la transcripción. Por ejemplo, algunos inhibidores se dirigen a quinasas clave, impidiendo eventos de fosforilación que son fundamentales para las cascadas de señalización, e influyendo directamente en los mecanismos reguladores en los que participa TCEANC. Otros actúan como inhibidores de mTOR, interrumpiendo la señalización mTOR que sustenta diversos aspectos de la regulación transcripcional. Al hacerlo, estos inhibidores pueden disminuir sustancialmente la actividad del TCEANC, que depende del correcto funcionamiento de estas vías. Del mismo modo, los compuestos que inhiben las quinasas dependientes de ciclinas o las proteínas de choque térmico pueden perjudicar indirectamente al TCEANC al detener la progresión del ciclo celular o desestabilizar el complejo proteico esencial para su actividad, respectivamente.
Además, inhibidores específicos ejercen sus efectos dirigiéndose a la síntesis de ATP o a la maquinaria de replicación del ADN, modulando así indirectamente el paisaje funcional en el que opera TCEANC. La depleción de ATP interrumpe numerosos procesos dependientes de ATP, como los que implican a TCEANC, mientras que la inhibición de la topoisomerasa puede alterar la dinámica transcripcional crítica para la actividad de TCEANC. Además, la inhibición de la ARN polimerasa II afecta directamente a la transcripción, reduciendo así el proceso de elongación que se sabe que facilita la TCEANC. Otros compuestos pueden inhibir la exportación nuclear de proteínas o la actividad del proteasoma, provocando potencialmente una acumulación de proteínas dentro del núcleo o un aumento de las proteínas ubiquitinadas, respectivamente. Estos resultados pueden tener efectos en cascada sobre la estabilidad y el recambio de TCEANC, disminuyendo aún más su actividad dentro de su contexto transcripcional.
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