Los inhibidores químicos de SMG9 pueden influir en la función de la proteína a través de varias vías bioquímicas. El PF-8380, por ejemplo, se dirige a la autotaxina, interrumpiendo la vía de señalización del ácido lisofosfatídico (LPA). Como la señalización del LPA puede modular la descomposición del ARNm mediada por el sinsentido (NMD), en la que actúa SMG9, el PF-8380 afecta indirectamente a la actividad de SMG9. El LY294002, un inhibidor de la PI3K, afecta a múltiples procesos celulares, incluidos potencialmente los regulados por la SMG9. Al amortiguar la señalización PI3K, el LY294002 puede reducir la participación funcional de SMG9. La rapamicina, un inhibidor de mTOR, puede disminuir los procesos de traducción del ARNm, afectando así al papel funcional de SMG9 en la vigilancia del ARNm. Del mismo modo, Spautin-1 puede alterar los mecanismos de degradación del ARNm regulados por las respuestas al estrés celular, incluida la autofagia, influyendo así en la actividad de SMG9.
Siguiendo con el tema de la alteración de procesos celulares, la inhibición de la actividad tirosina quinasa por parte de la genisteína puede disminuir la función de SMG9, ya que puede regular vías de señalización en las que SMG9 está implicada. El GW4869, que inhibe la esfingomielinasa neutra, puede alterar la señalización celular y la dinámica de la membrana, afectando así a la vía de SMG9. U0126 y SB203580, inhibidores de MEK1/2 y p38 MAPK respectivamente, pueden provocar disminuciones en sus correspondientes vías de señalización, que están implicadas en los procesos de estabilidad y decaimiento del ARNm en los que interviene SMG9. La inhibición de la V-ATPasa por la bafilomicina A1 altera la acidificación endosomal-lisosomal, un proceso vital para la función celular, que puede afectar a la actividad de SMG9. La MG132 actúa sobre el sistema proteasoma, afectando al recambio de proteínas relacionadas con la degradación del ARNm e indirectamente a la función de SMG9 en la vigilancia del ARNm. Por último, la cicloheximida y la actinomicina D, al inhibir la biosíntesis de proteínas eucariotas y la síntesis de ARN dependiente de ADN, respectivamente, pueden alterar el panorama de proteínas y ARNm, afectando así al contexto funcional en el que opera SMG9.
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