Los inhibidores químicos de la Rpp21 pueden afectar a su papel en el procesamiento del ARNt a través de varias vías bioquímicas. El alopurinol inhibe la xantina oxidasa, una enzima vital para el metabolismo de las purinas, lo que conduce a una alteración de los niveles de nucleótidos, que son sustratos cruciales para la síntesis del ARNt, afectando así a la función de la Rpp21. La ribavirina y el ácido micofenólico actúan sobre la inosina monofosfato deshidrogenasa, reduciendo la reserva de nucleótidos de guanina necesarios para la maduración del ARNt, lo que afecta indirectamente a la actividad de la Rpp21. Del mismo modo, la inhibición de la misma enzima por parte de la tiazofurina puede provocar una reducción de la síntesis de nucleótidos de guanina, lo que altera el equilibrio de nucleótidos necesario para el procesamiento del ARN. El 5-Fluorouracilo se incorpora a las moléculas de ARN, interfiriendo con la integridad del ARN y, por tanto, con la actividad de procesamiento del ARN de la Rpp21. El metotrexato altera la dihidrofolato reductasa, lo que provoca una escasez de timidilato y, en consecuencia, afecta a los procesos dependientes del folato, incluida la síntesis y el procesamiento del ARN, en los que la Rpp21 desempeña un papel fundamental.
Además, la 6-mercaptopurina y su profármaco la azatioprina interfieren con las enzimas de la vía de síntesis de las purinas, su incorporación a los ácidos nucleicos puede alterar el procesamiento del ARN, inhibiendo así la función de la Rpp21. La cladribina altera la síntesis y reparación del ADN, lo que puede inhibir indirectamente la Rpp21 al afectar a las reservas de nucleótidos. La hidroxiurea se dirige a la ribonucleótido reductasa, crucial para el suministro de desoxirribonucleótidos, y aunque afecta principalmente a la síntesis de ADN, también puede tener consecuencias para las vías de procesamiento del ARN en las que interviene Rpp21. La clofarabina y la fludarabina, análogos de nucleósidos de purina, inhiben la ribonucleótido reductasa y las ADN polimerasas, lo que conduce a la inhibición de la reparación y replicación del ADN, que a su vez puede afectar a la participación de Rpp21 en el procesamiento del ARN debido a cambios en las reservas celulares de nucleótidos. Estos diversos inhibidores químicos, a través de sus distintas interacciones bioquímicas, demuestran la intrincada relación entre la síntesis y disponibilidad de nucleótidos con el papel funcional de Rpp21 en el procesamiento del ARNt.
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