Los inhibidores químicos de la PHF3 incluyen un conjunto diverso de compuestos que se dirigen a varias vías y procesos biológicos para lograr la inhibición funcional de la proteína. El ácido ocadaico, por ejemplo, mantiene la PHF3 en un estado hiperfosforilado inhibiendo las proteínas fosfatasas PP1 y PP2A, que normalmente desfosforilarían la PHF3. Esta hiperfosforilación puede obstaculizar los papeles funcionales de PHF3. Del mismo modo, MG-132 actúa inhibiendo la vía del proteasoma, impidiendo la degradación de proteínas ubiquitinadas, lo que potencialmente conduce a una acumulación de proteínas mal plegadas que secuestran PHF3 en complejos no funcionales. La tricostatina A y el SAHA (Vorinostat), ambos inhibidores de la HDAC, aumentan la acetilación de las histonas, lo que puede alterar la interacción de PHF3 con la cromatina, ya que dichas interacciones dependen a menudo del estado de acetilación de las histonas.
Además, la 5-azacitidina y la mitramicina A pueden interferir con las funciones asociadas a la cromatina de PHF3 alterando los patrones de metilación del ADN y la unión al ADN, respectivamente, imponiendo así restricciones estéricas o alostéricas sobre la capacidad de PHF3 para modular la expresión génica. La alfa-manitina inhibe directamente la ARN polimerasa II, afectando al paisaje transcripcional en el que opera el PHF3. Compuestos como I-CBP112 y JQ1, que se dirigen a las proteínas BET bromodominio, pueden influir indirectamente en las redes transcripcionales que implican PHF3, lo que lleva a una reducción de las funciones reguladoras de PHF3. El pladienolide B, al inhibir el espliceosoma, interrumpe los procesos de empalme de ARN en los que está implicado el PHF3, mientras que la inhibición de Chk1 por el PF-477736 puede afectar ampliamente a los procesos regulados por el ciclo celular en los que interviene el PHF3. Por último, UNC0638 se dirige a las histona metiltransferasas G9a y GLP, alterando la metilación de las histonas e interrumpiendo potencialmente las interacciones de PHF3 con estos marcadores epigenéticos, lo que puede inhibir las actividades de PHF3 relacionadas con la cromatina.
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