Los inhibidores de la proteína nucleolar NOP9 actúan a través de diversos mecanismos bioquímicos dirigidos a los procesos celulares esenciales en los que interviene NOP9, en particular el ensamblaje y la biogénesis de los ribosomas. Algunos inhibidores actúan interrumpiendo los gradientes iónicos a través de las membranas, que son críticos para la importación nuclear de NOP9 y otras proteínas nucleolares; su inhibición conduce a una disminución de la localización de NOP9 en el nucléolo, disminuyendo así su actividad funcional. Otros se dirigen a la señalización mTOR, una vía crucial para la biogénesis de los ribosomas, lo que conduce a una menor demanda de actividad de NOP9. Además, algunos inhibidores se unen directamente al ADN, impidiendo la síntesis de ARN, lo que a su vez reduce la reserva de sustratos de ARN ribosómico necesarios para la función de NOP9 en el ensamblaje ribosómico. Estos inhibidores afectan indirectamente a la función de NOP9 al alterar la disponibilidad de componentes ribosómicos que NOP9 necesita procesar.
Otros mecanismos a través de los cuales los inhibidores de NOP9 ejercen sus efectos incluyen la inhibición de la ARN polimerasa II y I, que son responsables de la síntesis de ARNm y ARNr, respectivamente. Al disminuir la síntesis de estas moléculas de ARN, se reduce indirectamente la participación de NOP9 en el ensamblaje de los complejos ribonucleoproteicos. Algunos inhibidores inactivan específicamente los ribosomas modificando el ARNr, lo que interrumpe la función primaria de NOP9 en el procesamiento y ensamblaje de ribosomas. Otros impiden la glicosilación de las proteínas, alterando así potencialmente la maduración de las proteínas que interactúan con NOP9 y afectando a la función de NOP9 en el nucléolo. Además, los factores de transcripción que regulan la biogénesis de los ribosomas pueden ser el objetivo de algunos inhibidores, lo que conduce a una reducción de la actividad de NOP9 debido a una menor tasa de producción de ARN ribosómico.
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