Se sabe que la tetraciclina y su derivado, la doxiciclina, se unen a las subunidades ribosómicas, obstruyendo la unión del aminoacil-ARNt al complejo ARNm-ribosoma, lo que a su vez dificultaría la función del MRP-L35 como parte de este complejo. El cloranfenicol ejerce sus efectos uniéndose al centro peptidil transferasa del ribosoma mitocondrial, inhibiendo la actividad enzimática esencial para la elongación de la cadena proteica, afectando así a la función del MRP-L35 en la síntesis de péptidos. Del mismo modo, el linezolid se une al ARN ribosómico del ribosoma bacteriano, que es afín al ribosoma mitocondrial debido a los orígenes evolutivos compartidos, inhibiendo así el inicio de la traducción. Esta unión puede impedir el correcto funcionamiento del MRP-L35 al interrumpir la formación del complejo de iniciación. Los antibióticos macrólidos, como la eritromicina y la roxitromicina, se unen al túnel de salida de los ribosomas, lo que puede provocar un bloqueo que impida la elongación de la cadena proteica naciente, implicando un papel de inhibición del MRP-L35 debido a su proximidad al túnel.
Los antibióticos lincosamidas como la clindamicina se adhieren a la subunidad 50S del ribosoma, interfiriendo con la reacción de transpeptidación, un paso necesario en la elongación de proteínas con el que probablemente esté asociado el MRP-L35. La rifampicina, aunque tradicionalmente se dirige a la ARN polimerasa bacteriana, puede influir en la síntesis de ARN mitocondrial debido a similitudes estructurales, afectando así a la participación del MRP-L35 en la síntesis de proteínas. La actinonina, un antibiótico peptídico, obstaculiza la peptidil deformilasa, una enzima implicada en la preparación de péptidos recién sintetizados para los siguientes pasos de traducción, lo que sería crítico para la participación funcional de MRP-L35 en estos procesos. La puromicina provoca la terminación prematura de la cadena al mimetizar el aminoacil-ARNt, lo que daría lugar a proteínas incompletas e interrumpiría la función normal del MRP-L35 en la síntesis de proteínas. Por último, la zidovudina, un análogo de nucleósido, se incorpora al ADN mitocondrial, causando potencialmente toxicidad y disfunción mitocondrial, lo que puede tener efectos descendentes en la síntesis proteica mitocondrial y, por tanto, en la función del MRP-L35.
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