Los inhibidores de la MFSD6L, como la genisteína, pueden inhibir las tirosina quinasas, que intervienen en la fosforilación y regulación de las proteínas transportadoras. Al inhibir estas quinasas, la genisteína puede alterar la función de MFSD6L si su actividad está regulada por la fosforilación. Además, el verapamilo, un bloqueante de los canales de calcio, puede modificar los niveles de calcio intracelular y, dada la sensibilidad de algunos transportadores al calcio, esto puede modular la actividad de MFSD6L. Otras sustancias químicas de esta clase son las que afectan a las concentraciones intracelulares de iones o metabolitos específicos que son cruciales para el correcto funcionamiento de los transportadores. La amilorida, al modular la actividad de ciertos canales y transportadores iónicos, puede cambiar el entorno iónico que es esencial para la actividad de la MFSD6L. Del mismo modo, la Ouabaína y la Digoxina inhiben la bomba Na+/K+ ATPasa, alterando así potencialmente los gradientes iónicos que podrían ser importantes para la actividad de la MFSD6L.
Algunos inhibidores como el Probenecid actúan sobre los transportadores de aniones orgánicos, afectando a la acumulación intracelular de sustratos, lo que a su vez podría influir en la función de la MFSD6L alterando su disponibilidad de sustratos o el gradiente electroquímico. El ácido niflúmico, al bloquear los canales de cloruro, puede modificar el gradiente electroquímico, que es una fuerza impulsora de la función de muchos transportadores, incluido potencialmente MFSD6L. La clorpromazina interactúa con los receptores dopaminérgicos y puede afectar a las proteínas transportadoras alterando las vías de señalización celular. Estas vías de señalización pueden modular indirectamente la función de la MFSD6L al afectar al entorno general de señalización en el que opera la proteína.
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