La forskolina actúa como catalizador de la adenilato ciclasa, amplificando así los niveles de AMPc, que a su vez puede activar proteínas sensibles a este mensajero. La PMA activa la proteína quinasa C, una enzima con una amplia gama de sustratos proteicos, lo que puede influir en los mecanismos de regulación dependientes de la fosforilación. Los ionóforos del calcio, como la ionomycina, ofrecen una vía para aumentar el calcio intracelular, un ion fundamental en numerosas cascadas de señalización, que posiblemente afecte a las proteínas de unión al calcio.
La rapamicina, un conocido inhibidor de mTOR, estimula los procesos autofágicos, lo que podría afectar a las proteínas que se degradan o reciclan en esta vía. Inhibidores como SB203580, LY294002, U0126 y SP600125 se dirigen selectivamente a quinasas clave de las vías de señalización MAPK, PI3K/Akt, MEK y JNK, respectivamente, alterando así el estado de fosforilación y la consiguiente actividad de proteínas estrechamente vinculadas a estas vías. Los moduladores epigenéticos ejercen su influencia sobre la expresión génica; la tricostatina A inhibe las histonas desacetilasas, mientras que la 5-azacitidina actúa sobre las metiltransferasas del ADN, lo que puede alterar la transcripción y aumentar la regulación de diversas proteínas. El resveratrol y la curcumina intervienen en las vías de la sirtuina y el NF-κB, que son fundamentales en las respuestas al estrés celular y la inflamación, modulando así las actividades de las proteínas relacionadas.
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