La estaurosporina es un inhibidor de quinasas de amplio espectro con capacidad para suprimir la actividad de multitud de quinasas, lo que a su vez puede repercutir en numerosas vías de señalización, provocando potencialmente cambios en la actividad de las proteínas. Del mismo modo, la 5-azacitidina puede alterar la expresión génica por su acción sobre las ADN metiltransferasas, lo que puede dar lugar a cambios en la síntesis o la función de las proteínas. El U0126 y el PD98059 son inhibidores específicos de MEK1/2, y su acción puede alterar la cascada de señalización MAPK/ERK, una vía conocida por regular diversos procesos celulares, incluida la función de las proteínas.
La vía JNK, a la que se dirige SP600125, y la vía MAPK p38, a la que se dirige SB203580, son críticas para responder a las señales de estrés, y la modulación de estas vías puede influir en las proteínas implicadas en estas respuestas. El LY294002 puede inhibir la señalización PI3K/AKT, una importante vía que regula la supervivencia y el metabolismo celular, afectando así potencialmente a las proteínas que se encuentran aguas abajo de PI3K/AKT. Los inhibidores del proteasoma, como MG132 y Bortezomib, pueden impedir la degradación de las proteínas, lo que provoca cambios en los niveles y la actividad de diversas proteínas celulares. El Thapsigargin, al interrumpir la SERCA, puede afectar a la homeostasis del calcio, que es crucial para muchos aspectos de la función de las proteínas, incluidos el plegamiento y la señalización. La 2-Deoxi-D-glucosa inhibe la glucólisis, lo que puede afectar al metabolismo energético y posiblemente a las proteínas implicadas en esta vía. Por último, la Z-VAD-FMK puede prevenir la apoptosis inhibiendo las caspasas, lo que a su vez puede afectar a la actividad de proteínas reguladas por señales apoptóticas.
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