Los inhibidores del KIAA0649, tal como se representan en este contexto, se dirigen principalmente a la síntesis, procesamiento y metabolismo del ARN, afectando indirectamente a funciones de las proteínas de unión al ARN como las asociadas al KIAA0649. Por ejemplo, compuestos como la actinomicina D y la α-amanitina son inhibidores bien conocidos de la síntesis de ARN. La actinomicina D se une al ADN y dificulta la síntesis de ARN, mientras que la α-amanitina inhibe específicamente la ARN polimerasa II.
Además, algunos inhibidores se centran en etapas específicas del procesamiento del ARN. El pladienólido B y la espliceostatina A son compuestos dirigidos contra el complejo SF3b, que desempeña un papel fundamental en el empalme del pre-ARNm. Al modificar la dinámica del empalme, estos compuestos pueden afectar indirectamente a la funcionalidad y las interacciones de las proteínas de unión al ARN. Además, compuestos como la Ribavirina, un análogo de la guanosina, y la Cordicepina, un análogo de la adenosina, se integran en las estructuras del ARN, afectando a su metabolismo y procesamiento, e influyendo posteriormente en la actividad de las proteínas de unión al ARN.
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