Las sustancias químicas diseñadas para inhibir la HDA2 actúan principalmente interfiriendo con el dominio catalítico responsable de su actividad desacetilasa. Por ejemplo, la tricostatina A y el vorinostat son inhibidores de las HDAC que actúan sobre las HDAC de clase I y II, bloqueando eficazmente la capacidad de la HDA2 para eliminar los grupos acetilo de las histonas y de las proteínas no histónicas. Esta alteración provoca un aumento de las histonas acetiladas, afectando así a las funciones reguladoras que la HDA2 desempeña en la expresión génica. El butirato sódico, un ácido graso de cadena corta, también bloquea la actividad de desacetilación de las HDAC de clase I y II, incluida la HDA2, provocando una disminución del silenciamiento génico mediado por esta proteína. Del mismo modo, el Mocetinostat y la Apicidina son inhibidores selectivos del isotipo y de la clase I de las HDAC, respectivamente, que impiden el dominio enzimático de la HDA2, lo que conduce a una alteración de la regulación epigenética.
Por otro lado, Panobinostat y Belinostat son inhibidores pan-HDAC que interrumpen ampliamente las actividades enzimáticas de múltiples HDACs, incluyendo HDA2. Su inhibición aumenta la acetilación de las histonas, lo que a su vez altera los perfiles de expresión génica. La especificidad hacia las HDAC de clase I es una característica de Entinostat y Romidepsin, que afectan directamente a la función de desacetilación de HDA2, provocando un aumento de la acetilación y la consiguiente alteración de la regulación génica. Los inhibidores de HDAC de segunda generación, como JNJ-26481585, están diseñados para actuar sobre múltiples HDAC manteniendo potencias superiores. En el caso de la HDA2, esto conduce a una alteración de la represión génica típicamente mediada por esta proteína. La tubastatina A, aunque es menos potente sobre la HDA2, puede afectarla por reacción cruzada, alterando su papel en la regulación génica al aumentar los niveles de acetilación.
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