Como miembro de la familia FAM90A, se predice que FAM90A9 tiene dominios estructurales indicativos de funciones nucleares, en consonancia con las propiedades características de la familia. Los dominios y motivos dentro de FAM90A9 pueden implicarlo en la regulación de la expresión génica, la participación en la reparación del ADN, o la remodelación de la cromatina, sin embargo, estas funciones aún no se han corroborado experimentalmente.
La presencia de señales de localización nuclear en las proteínas de la familia FAM90A, incluida FAM90A9, apoya la hipótesis de que FAM90A9 actúa en el compartimento nuclear. En este caso, puede influir en la regulación transcripcional, posiblemente interactuando con factores de transcripción o formando parte de complejos que modulan el estado de la cromatina, afectando a patrones de expresión génica críticos para diversos procesos celulares como el control del ciclo celular, la diferenciación y la estabilidad genómica. Tales estudios podrían revelar su papel en los procesos fisiológicos y de desarrollo o en condiciones patológicas si los patrones de expresión aberrantes se asocian con estados de enfermedad.
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