Los inhibidores químicos de la conexina 25 pueden funcionar a través de diversos mecanismos, cada uno de los cuales altera la actividad de la proteína de distintas maneras. El halotano, por ejemplo, se incrusta en la bicapa lipídica de las membranas celulares, donde se encuentra la conexina 25, alterando así las propiedades físicas de la membrana. Esta alteración puede impedir el ensamblaje o la función de los canales de conexina 25, lo que conduce a una disminución de la comunicación de las uniones gap. Del mismo modo, alcoholes como el heptanol y el octanol pueden integrarse en la bicapa lipídica, provocando el desacoplamiento de las uniones gap al cambiar la fluidez de la membrana y, potencialmente, por interacción directa con las proteínas de conexina, lo que impide que la conexina 25 forme canales funcionales. Por otra parte, el cloruro de gadolinio (III) actúa bloqueando directamente los canales de las uniones brecha, inhibiendo el paso de iones y pequeñas moléculas que normalmente pasan a través de los canales de la conexina 25.
Otras sustancias químicas, como la carbenoxolona y el ácido 18α-glicirretínico, ejercen sus efectos inhibidores uniéndose a los canales de unión de la anexina 25, bloqueándolos y reduciendo así la comunicación intercelular. El compuesto 2-APB influye en la señalización intracelular del calcio, que es crucial para la regulación de la unión intercelular. Al alterar los niveles de calcio, puede impedir la formación o el mantenimiento de canales de anexina 25 funcionales. Se cree que la mefloquina y la quinina interactúan con la propia proteína anexina 25, modificando las propiedades de su canal y reduciendo así la comunicación de la unión intercelular. Los bloqueantes no selectivos de las uniones gap, como el ácido flufenámico y el ácido niflúmico, inhiben la conexina 25 impidiendo el intercambio de iones y moléculas entre las células. Por último, el ácido tánico tiene la capacidad de precipitar las proteínas y puede unirse directamente a las proteínas de anexina, lo que provoca el cierre de los canales de unión de la anexina 25, inhibiendo aún más la comunicación intercelular facilitada por estos canales.
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