Los inhibidores químicos de la CCDC90A funcionan en gran medida interfiriendo con su papel en el complejo uniportador de calcio mitocondrial (MCU). El Ru360, por ejemplo, es un conocido inhibidor específico del complejo MCU, que se une directamente al MCU y bloquea la captación de calcio en las mitocondrias. Al obstruir esta vía, Ru360 inhibe funcionalmente la capacidad de CCDC90A para regular el transporte mitocondrial de iones de calcio. El rojo de rutenio actúa de forma similar al impedir la captación de calcio mitocondrial, que es una función esencial de la CCDC90A dentro del complejo MCU. Además, compuestos como el KB-R7943 y el CGP-37157, aunque se dirigen principalmente a los intercambiadores Na+/Ca2+, pueden limitar indirectamente la funcionalidad del CCDC90A. El KB-R7943 altera la concentración de calcio intracelular, que es esencial para el funcionamiento de la CCDC90A dentro de la MCU, mientras que el CGP-37157, al inhibir el intercambiador mitocondrial Na+/Ca2+, puede aumentar el calcio mitocondrial, sobrecargando potencialmente el sistema y reduciendo así la capacidad de la CCDC90A para regular la afluencia adicional de calcio.
Otros inhibidores como el cloruro de gadolinio y el cloruro de lantano (III) actúan como bloqueantes generales de los canales de calcio, lo que puede afectar indirectamente a CCDC90A al restringir los flujos de calcio que CCDC90A está diseñado para mediar en los espacios mitocondriales. Del mismo modo, los bloqueantes de los canales de calcio como el verapamilo, el diltiazem, el nifedipino y el amlodipino, utilizados tradicionalmente para inhibir los canales de calcio de tipo L en la membrana plasmática, también pueden afectar a los niveles de calcio intracelular, lo que a su vez puede afectar a la homeostasis del calcio mitocondrial que la CCDC90A ayuda a mantener. Además, el 2-APB, un inhibidor de los receptores de IP3, modula la entrada de calcio operada por almacenamiento, con lo que influye indirectamente en la CCDC90A al alterar la señalización intracelular del calcio. Por último, el SKF-96365, que inhibe la entrada de calcio mediada por receptores y los canales de calcio operados por almacenes, también puede influir en la CCDC90A cambiando la dinámica del calcio dentro de las mitocondrias en las que opera la CCDC90A. Cada una de estas sustancias químicas puede inhibir funcionalmente la CCDC90A actuando sobre diferentes aspectos de la regulación y el transporte del calcio, influyendo así en la actividad de la proteína en el entorno mitocondrial.
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