Se sabe que compuestos como la Wortmannina y el LY294002 inhiben la PI3K, una quinasa que desempeña un papel fundamental en el crecimiento y la supervivencia de las células. Al inhibir esta quinasa, estos compuestos pueden modular la función de las proteínas reguladas por la vía PI3K/Akt. El PD98059 y el U0126, que se dirigen específicamente a MEK1/2 dentro de la vía MAPK/ERK, pueden alterar la actividad de proteínas que forman parte de esta cascada de señalización, una vía crítica para la proliferación y diferenciación celular. Además, inhibidores como SB203580 y SP600125 se dirigen a quinasas sensibles al estrés como p38 MAPK y JNK, respectivamente. Estas enzimas intervienen en la respuesta celular al estrés y la apoptosis, y su inhibición puede afectar a proteínas asociadas a estas vías. Compuestos como la rapamicina, que inhibe mTOR, pueden alterar procesos como la síntesis proteica y la autofagia, afectando a proteínas reguladas por la señalización mTOR.
Entre los inhibidores dirigidos a funciones celulares fundamentales se encuentran la Brefeldina A, la Tunicamicina y la Tapsigargina. La brefeldina A interrumpe el transporte del RE al Golgi, afectando a las proteínas implicadas en el tráfico vesicular. La tunicamicina bloquea la glicosilación ligada al N, alterando la estabilidad y la función de las proteínas glicosiladas. El Thapsigargin inhibe la bomba SERCA, alterando la homeostasis del calcio, lo que puede afectar a las proteínas asociadas a la señalización del calcio. La ciclosporina A, al inhibir la calcineurina, puede alterar la función de proteínas implicadas en la activación de células T y otros mecanismos de señalización, mientras que la 2-Deoxi-D-glucosa, al inhibir la glucólisis, puede afectar a proteínas implicadas en la regulación metabólica.
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