Los compuestos como la genisteína actúan de forma diferente, principalmente como inhibidores de la tirosina cinasa, pero también influyen en la actividad de las proteínas a través de la modulación de las vías de señalización. El ácido retinoico, un derivado de la vitamina A, se acopla a los receptores del ácido retinoico para regular la expresión génica, un proceso que puede tener un profundo efecto en el estado funcional de las proteínas. El cloruro de litio toma otro camino al inhibir GSK-3β, activando así la vía de señalización Wnt e influyendo en la subsiguiente actividad de las proteínas.
Adentrándose aún más en la maquinaria celular, el U0126 actúa como inhibidor de MEK, con el potencial de alterar la actividad de las proteínas reguladas por la vía MAPK. Del mismo modo, KN-93, que inhibe CaMKII, y LY294002, un inhibidor de PI3K, pueden modular indirectamente la actividad proteica dentro de sus respectivas vías de señalización del calcio y PI3K/AKT. La inhibición de GSK-3 por SB216763 conduce a la activación de la señalización Wnt, que de nuevo puede tener un efecto dominó sobre la actividad proteica. El H-89, aunque es un potente inhibidor de la PKA, también puede ejercer efectos fuera del objetivo que pueden influir en la actividad de una serie de proteínas. El ácido ocadaico, potente en su inhibición de las proteínas fosfatasas 1 y 2A, provoca un aumento de la fosforilación de proteínas, lo que puede conducir a la activación de determinadas proteínas. La tricostatina A, al inhibir las histonas desacetilasas, altera la expresión génica, lo que a su vez puede repercutir en la actividad de las proteínas.
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