Los inhibidores químicos de ALX3 pueden participar en varias vías de señalización celular para inhibir su función. El ácido retinoico, por ejemplo, puede inhibir ALX3 participando en la señalización del ácido retinoico, que es esencial para el desarrollo craneofacial, un proceso en el que se sabe que ALX3 está activo. Del mismo modo, el palmitoil D,L-carnitina puede inhibir la ALX3 interviniendo en el metabolismo de los lípidos y la beta-oxidación mitocondrial, que son procesos metabólicos asociados a la acción de la ALX3. El folinato cálcico entra en la vía del metabolismo del folato, crucial para la correcta síntesis del ADN y la división celular en la que está implicada la ALX3, lo que conduce a su inhibición. El galato de epigalocatequina, un potente antioxidante, puede inhibir el ALX3 al intervenir en las vías antioxidantes celulares que son vitales para la respuesta al estrés oxidativo, una condición a la que responde el ALX3.
Además, la triyodotironina puede inhibir el ALX3 alterando las vías de señalización de la hormona tiroidea que regulan la expresión de genes homeobox, entre los que se encuentra el ALX3. El pirvinio ofrece inhibición afectando la señalización Wnt, que regula la expresión génica y los procesos de desarrollo que implican ALX3. La dorsomorfina proporciona inhibición a través de su acción sobre la vía de señalización BMP, que influye en el desarrollo esquelético e implica ALX3. La rapamicina puede inhibir la ALX3 dirigiéndose a la vía de señalización mTOR, que es importante para el crecimiento y la proliferación de las células que expresan ALX3. La ciclopamina inhibe ALX3 modulando la vía de señalización Hedgehog, que es esencial para los procesos de desarrollo y las actividades de regulación génica de ALX3. El cloruro de litio puede inhibir ALX3 influyendo en la vía Wnt/beta-catenina, conocida por interactuar con ALX3 durante las etapas de desarrollo. La rosiglitazona ejerce su acción inhibidora sobre ALX3 a través de la modulación de la señalización PPARγ, lo que tiene implicaciones para la adipogénesis, donde ALX3 desempeña un papel. Por último, la salinomicina puede inhibir ALX3 interrumpiendo la señalización Wnt y los gradientes iónicos, que son esenciales para las funciones reguladoras y de desarrollo de ALX3.
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